都察院左都御史虞谦率监察专班，依中枢“同步督查吏治”之要求，分赴全国各地，开展宗教整肃专项督查。虞谦定“明察暗访、从严惩处”之督查原则，令督查人员既查阅地方官府工作台账、奏报文件等公开资料，亦深入民间，走访百姓与宗教场所负责人，察地方官员实际履职情状。督查重点聚焦三类问题：一者对宗教乱象视而不见、推诿扯皮、履职不力之官员；二者收受宗教势力贿赂、包庇纵容非法宗教活动之官员；三者在物资清缴、赈灾发放等工作中贪墨挪用、中饱私囊之官员。
于山东青州，督查专班暗访发现，当地知县早已知晓某道观非法圈地、欺压百姓之举，然因收受道观住持所赠金银珠宝，便始终视而不见，甚者在百姓举报时出面压制，致该道观非法行径持续半年之久，百姓怨声载道。虞谦闻之怒不可遏，当即下令将该知县革职查办，押解京城移交刑部审理。
经深入调查，督查专班还发现各地共有十余位官员存在不同程度失职渎职：有官员在宗教活动规范工作中敷衍了事，未按要求张贴《规范令》；有官员在资产核查中为宗教场所通风报信，助其转移非法资产；有官员在赈灾物资发放中，将优质粮食留予亲友，将劣质粮食发放灾民。针对此辈官员，虞谦依其违纪违法情节轻重，分别处置：三人因贪墨数额巨大、情节恶劣，判流放三千里；五人因包庇纵容非法宗教活动，革职查办；其余人员分受降职、杖责、罚俸等处分。都察院将此等案例整理成册，通报全国各级官府，警示各地官员引以为戒，秉公办事，严格落实宗教整肃政策。
从严惩处失职渎职官员之同时，虞谦亦重表彰先进、激励士气。他令督查专班在督查中，主动发掘积极推进整肃、成效显着之官员。浙江台州知府在宗教整肃中，主动担当、积极作为，既精准打击寺院囤积粮食乱象，又妥善组织赈灾物资发放，确保灾民安置妥当；同时，积极引导当地宗教场所开展慈善活动，推动政教和谐。温彦向虞谦举荐此人，虞谦经实地核查，确认功绩属实，当即向萧燊奏请表彰。萧燊下旨：晋升浙江台州知府为浙江按察使司副使，以示嘉奖。此外，宗教管理司一名主事在规范宗教活动、核查资产等工作中，始终坚守岗位、秉公办事，处置问题精准高效，亦被虞谦举荐提拔为郎中。
虞谦在督查中发现，部分地方官员履职不力，除自身品行问题外，缺乏明确考核约束机制亦是重要缘由。为此，他向萧燊奏请：“建议完善宗教管理考核机制，将宗教整肃成效、政教和谐程度、百姓满意度等指标纳入地方官员年度考核体系，与官员升迁、奖惩直接挂钩。对考核优秀者，优先提拔任用；对考核不合格者，予以降职、调离等处理，从制度上保障宗教管理工作长效推进。”萧燊以为切中要害，当即准奏，令吏部右侍郎沈从之牵头，联合都察院、宗教管理司，制定具体考核细则。沈从之迅速组织相关官员开展工作，经一月研讨修订，《宗教管理工作考核细则》正式出台，为地方官员履职提供明确考核依据。
专项督查与考核机制完善之双重举措，有效肃清吏治风气。各地官员深刻认识宗教整肃之重要性，推进工作之积极性与责任心显着提升，往昔推诿扯皮、敷衍了事之象尽消。诸多官员主动深入一线，调研宗教情状，及时解决整肃中出现之问题，确保各项政策精准高效落实。都察院后续督查回访显示，各地宗教整肃工作质量显着提升，百姓对官府工作满意度大幅提高。
随宗教整肃取得阶段性成效，如何巩固成果、避免乱象反复，成为萧燊与群臣关注之重点。阁老杨璞，素精研律法，深知制度保障之重要。他向萧燊上奏：“陛下，此次宗教整肃之所以顺利推进，赖陛下英明决策与群臣协同发力。然欲实现宗教管理长治久安，必有完善律法为保障。当前《大吴律》中关于宗教事务之条款简略，仅对部分严重违法宗教行为有所规定，对日常宗教活动规范、宗教资产监管等内容缺乏明确条款，致部分地方官员处置宗教事务时无据可依，难以精准把握尺度。恳请陛下恩准，修订《大吴律》相关条款，完善宗教管理律法体系，确保宗教管理有法可依、有章可循。”
萧燊深以为然，当即准奏，令杨璞牵头，联合刑部、礼部、宗教管理司等部门核心官员，组建律法修订专班，负责《大吴律》宗教相关条款修订。修订专班先全面梳理各地整肃中遇之法律问题，结合宗教管理实际需求，开展修订。经三个多月反复研讨、论证与修改，《大吴律》宗教相关条款修订完成。修订后之律法，新增“非法宗教活动罪”“宗教场所囤积战备物资罪”“宗教势力勾结外敌罪”“宗教人员胁迫他人入教罪”等多个罪名，明确各类罪名构成要件与量刑标准；同时，补充宗教场所合法经营、宗教活动报备、宗教资产监管、宗教界参与慈善活动等相关条款，对宗教场所土地使用、香火钱管理、跨区域宗教交流等行为作出详细规范，为宗教管理提供全面、系统之法律依据。
温彦深知律法生命力在于执行，《大吴律》修订完成后，即刻组织宗教管