接旨后，三人迅速召开秘密会议，定抓捕计划：由郑毅龙率水师官兵封锁寺院周边海域与陆路通道，防涉案人员逃脱；由陆冰率玄夜卫密探突袭寺院，抓捕住持、黑衣奸细及核心党羽；由林文博率按察使司官员，负责现场证据固定与后续审理。深夜三更，抓捕行动启动，玄夜卫密探与水师官兵悄无声息包围寺院，随即迅速突袭，成功抓获寺院住持、五名倭寇奸细及十余名寺院核心党羽，于藏经阁内查获传递情报之密信、加密沿海布防图、倭寇首领致住持之指令等关键证据。
抓捕毕，林文博即刻组织审理。确凿证据面前，寺院住持与倭寇奸细均无从抵赖，如实供认勾结倭寇、刺探军情、提供补给之全部犯罪事实。据供认，该住持早年因贪腐遭官府查处，逃亡海外时被倭寇捕获，后降倭寇，受其首领派遣返大吴，以寺院住持身份为掩护，长期从事间谍活动，已向倭寇传递军情数十次，致沿海多次抗倭作战失利。
依《大吴律》“通敌叛国”条款，萧燊下旨：判处寺院住持与五名倭寇奸细凌迟处死，抄没寺院全部资产；涉案十余名核心党羽分判流放、杖责等刑罚。同时，萧燊令郑毅龙牵头，联合玄夜卫建立“沿海宗教场所巡查机制”，定期巡查沿海宗教场所，排查间谍隐患，严防倭寇再借宗教名义渗透。
此案告破，不仅铲除倭寇安插于沿海之重要间谍据点，更极大震慑沿海宗教势力。诸多宗教场所主动向官府报备与海外人员往来情状，清理内部可疑人员，积极配合官府防谍工作。郑毅龙后续奏报有云：“沿海宗教场所防谍意识显着提升，主动配合巡查，倭寇情报传递渠道遭严重破坏。近期水师依所掌情报，成功拦截三批倭寇劫掠船队，击沉倭寇船只十余艘，捕获倭寇两百余人，沿海抗倭战果显着，海防防线愈固。”
萧燊关注整肃进展之同时，始终强调“疏堵结合”之要，多次叮嘱温彦：“宗教整肃之目的，非打压宗教，乃规范其发展，引导其向善为民。打击不法势力之际，当积极引导合法宗教场所发挥积极作用。”温彦牢记嘱托，推进规范与核查工作之同时，积极谋划引导宗教界向善之具体举措。经反复研讨，终推行“宗教慈善劝募计划”，号召全国各地合法宗教场所发挥自身影响力，组织信众积极参与赈灾济困、支援抗倭等慈善活动，以实际行动践行“护国济民”之宗教宗旨。
为推动“宗教慈善劝募计划”落地，温彦先从京中入手。京中某着名寺院，历史悠久，信众众多。温彦亲往拜访住持，详阐“护国济民”之理念，讲解当前抗倭与赈灾之紧迫性。住持深受触动，当即表示愿响应号召，率先发起“抗倭捐粮”活动。寺院迅速张贴劝募公告，住持亲于大雄宝殿向信众宣讲：“佛法讲究普度众生，护国济民便是最大修行。如今沿海倭寇作乱，灾区百姓受苦，我等身为佛门弟子，理应挺身而出，捐粮捐物，支援前线将士，助灾区百姓渡难关。”
在住持带动下，京中信众纷纷响应，短短三日便捐出粮食两千余石、白银三千余两、衣物千余件。温彦亲往寺院表彰，由礼部颁“善举楷模”牌匾，号召全国各地宗教场所向其学习。
京中寺院带动之下，江南、湖广、山东等各地宗教场所纷纷响应“宗教慈善劝募计划”，开展各类慈善活动：苏州府宗教场所联合发起“赈灾粥棚”，于灾区设十余处粥棚，免费为灾民供粥；浙江沿海宗教场所主动为抗倭乡勇提供临时休整之所，寺院僧人更以自身医术，为受伤乡勇提供基础医疗救治；湖广地区宗教场所组织信众参与修桥铺路、修缮堤坝等民生工程，助力地方恢复生产。
苏州知府李董敏锐察觉宗教场所之积极作用，主动与当地宗教场所沟通协作，借其影响力组织信众参与沿海堤坝加固工程。宗教场所住持亲往宣讲动员，两日内便动员百余信众参与劳作，此辈信众自带工具，不计报酬，极大加快堤坝加固进度，为抵御台风与倭寇水攻提供有力保障。
礼部左侍郎温庭玉深知引导工作需长期坚持，遂牵头组织礼部官员，收集整理全国各地宗教界慈善事迹，编撰成《教务善举录》。书中详录各宗教场所开展慈善活动之具体情状、信众感人事迹，亦收录部分宗教领袖关于“护国济民”之宣讲言辞。温庭玉将《教务善举录》下发各地官府与宗教场所，令各地官府组织官员学习，令宗教场所组织信众诵读，进一步引导宗教界树立“护国爱民”理念。同时，朝廷出台激励政策，对积极参与慈善、支援抗倭之宗教场所予政策扶持：适当减免其土地赋税，优先保障其正当教务所需物资供应，于宗教场所评级中加分。
一系列引导举措成效显着，原本对官府心存戒备之宗教界人士，渐释顾虑，主动配合朝廷工作。诸多宗教领袖亲赴官府，为地方治理、赈灾抗倭建言献策。温彦向萧燊呈递之奏报有云：“各地宗教界积极响应朝廷号召，主动参与慈善活动，赈灾济困、支援抗倭，与官府同心协力。如今政教关系愈趋和谐，信众对朝廷认同感显着提升，民心进一步凝聚，为北伐抗倭大业奠定坚实民心基础。”萧燊阅后甚慰，令