礼部尚书吴鼎则从典章礼仪层面入手，将宗教管理纳入国家典章礼仪体系。他组织礼部官员修订相关典章制度，明确宗教场所参与国家祭祀、庆典等活动之规范流程，引导宗教界融入国家治理体系。例如，在国家重大祭祀活动中，邀请合法宗教场所领袖参与祭祀，表达宗教界对国家之认同与祈福之情；在抗倭胜利庆典等活动中，组织宗教场所开展祈福仪式，凝聚民心士气。同时，吴鼎修订《科举新则》时，特意增加“宗教政策与管理”相关内容，纳入科举考试范畴，令考生熟悉宗教管理基本律法与政策，提升未来官员处理宗教事务之能力。
律法与细则之完善，构建起“律法保障、制度约束、精准监管”之宗教管理长效机制。杨璞向萧燊呈递修订工作总结时奏曰：“此次《大吴律》修订与《宗教事务管理细则》制定，补齐宗教管理律法与制度短板。如今宗教管理有法可依、有章可循，既能有效遏制宗教不良势力非法行径，又能充分保障合法宗教活动顺利开展，为大吴王朝宗教管理长治久安奠定坚实基础。”萧燊阅后极为满意，令将新修订《大吴律》与《宗教事务管理细则》下发全国，要求各级官府与宗教场所认真学习贯彻。
萧燊深知，边疆地区宗教管理与内地不同。西北、西南边疆多民族聚居，宗教信仰多元复杂，宗教不仅为信众精神寄托，更与民族关系、边疆稳定紧密相关。若宗教管理不当，极易引发民族矛盾，甚者被外部势力利用，威胁边疆安全。故在整顿内地宗教乱象之同时，萧燊格外重视边疆宗教管理，多次召见温彦、秦昭、江临渊等负责边疆事务之官员，商议边疆宗教管理方略，强调“尊重习俗、适度规范、协同戍边”之原则，要求在维护国家统一、保障边疆稳定前提下，尊重边疆各民族宗教信仰与风俗习惯，通过规范与引导，推动宗教界参与边疆治理与戍边事业。
温彦依萧燊指示，专遣熟悉边疆宗教情状之官员赴西北、西南边疆，联合当地军政官员推进宗教整肃与引导工作。于西北边疆，西北副总兵赵烈与陕西按察使雷啸天密切配合，定“精准打击、积极引导”之策。他们先对边疆宗教场所开展全面排查，重点打击借宗教名义煽动民族矛盾、勾结北狄贵族之非法宗教势力。排查中，发现某宗教场所神职人员受北狄贵族指使，在各民族聚居区散布“北狄将大举南下，唯有归附北狄方能保全”之谣言，煽动民族对立。赵烈与雷啸天当即采取行动，将该神职人员抓获归案，依法惩处，并在当地召开公开宣判大会，澄清谣言，揭露北狄阴谋。同时，积极引导当地宗教界开展“戍边祈福”活动，邀请各民族宗教领袖宣讲“保家卫国、民族团结”理念，动员信众支持边防建设。诸多宗教场所主动组织信众为戍边将士捐赠衣物、粮食与药材，还组织青壮年信众参与烽火台周边防御工事修建，协助将士巡查边境。
于西南边疆，四川布政使江临渊结合西南多民族、多宗教并存之特点，推行“宗教和谐共处、协同治理边疆”之策。他先组织当地官员与各民族宗教领袖召开座谈会，倾听宗教界诉求与建议，尊重各宗教信仰习俗，明确官府将保障合法宗教活动开展。针对部分宗教场所间因争夺信众、土地资源产生之矛盾，江临渊亲出调解，组织各宗教领袖签订“宗教和谐共处公约”，引导各宗教相互尊重、和睦相处。同时，他借宗教界影响力，安抚少数民族部落，推动茶马互市有序开展。当地宗教领袖积极响应，主动牵头调解多起部落纷争，助官府宣传朝廷边疆政策与惠民举措，促进各民族团结融合。在宗教界协助下，西南边疆茶马互市日益繁荣，各民族经济文化交流不断加深，边疆秩序愈趋稳定。
兵部右侍郎于擎长期负责边疆军务，深知宗教界在戍边中之积极作用。他主动与边疆宗教场所联络，建立“边境预警联络点”，由宗教场所信众担任义务联络员，协助戍边将士巡查边境。此辈联络员熟悉当地地形与民情，能及时发现异常。一次巡查中，西北边疆某寺院信众发现小股北狄探子潜入边境，试图刺探边防军情，当即通过“边境预警联络点”上报附近戍边守军。守军迅速出动，成功抓获北狄探子，避免边防情报泄露。于擎还组织宗教场所神职人员，深入军营为戍边将士开展心理疏导，缓解将士思乡之情与作战压力，提升军队士气与凝聚