核查专班首赴浙江台州府，针对此前被举报囤积粮食之寺院开展核查。抵台后，专班第一时间联络浙江布政使秦仲，秦仲即遣当地官员与玄夜卫密探配合。专班抵寺院时，方丈故作镇定，亲出接待，谎称寺内粮食仅够僧人日常食用，绝无囤积，且主动引核查人员查看公开粮仓。然核查人员未为表象所惑，依玄夜卫密探所供密报，直奔寺院后山。至后山一处隐秘山洞前，方丈脸色骤变，试图阻挠。核查人员当即出示官府文书，强行入洞，果于洞内发现大规模隐秘粮仓，查获囤积粮食三千余石、药材百余斤，仓内尚有详备之收购与抛售记录，显示该寺院借低价收购、高价抛售粮食，已牟取暴利白银五千余两。
铁证面前，方丈无从抵赖，低头认罪，承认囤积粮食牟利之实。温彦接专班汇报后，即刻下令：没收该寺院全部囤积物资，由户部统一调配；寺院方丈交由当地按察使司审理，追究法律责任。
户部右侍郎方泽接温彦指令，即刻从户部抽调专人赴台州，统筹调配没收物资。他详加测算，将三千余石粮食分作两部分：一千五百石运往台州灾区，由当地官府设赈灾粥棚，免费向灾民发放，缓解饥馑；余一千五百石经漕运转运至沿海抗倭前线，补充水师军粮储备。没收之百余斤药材，则交兵部右侍郎裴衍，裴衍依各军营医疗点需求，精准调配至沿海抗倭水师军营与西北边防军营，保障将士伤病救治。同时，核查专班对该寺院全部资产全面清算，追缴其囤积牟利所得白银五千两，尽数上缴国库，充作抗倭军费。方泽将物资调配与资金追缴情状详录，形成专项报告上报户部尚书谢明，谢明审核后复呈萧燊御览，确保全程公开透明、有据可查。
于山东青州，核查专班发现某寺院长期勾结地方劣绅，借胁迫、低价收购等手段，强占百姓土地百余亩，复将土地出租予百姓耕种，收取高额地租，百姓稍有拖欠便遭寺院僧人与劣绅爪牙殴打欺凌。专班查实后，当即依法收回被强占之百余亩土地，逐一核实原主人信息，尽数退还百姓；同时将寺院住持与涉事劣绅捉拿归案，交由山东按察使司从严惩处。河南巡抚柳恒亦高度配合核查，亲率专班清查河南境内宗教场所土地使用情状，对非法圈地、兼并土地之举坚决纠正，规范宗教场所土地使用范围，严禁其借宗教名义侵占百姓利益。
此次全国范围宗教场所资产核查，历时两月有余，覆盖全国百余处宗教场所，查获非法囤积粮食两万余石、药材三千余斤、布匹五千余匹，追缴非法敛财所得白银数万两。户部尚书谢明汇总物资调配与资金追缴整体情状，向萧燊呈递详奏：“此次清缴之非法囤积物资，已尽数用于赈灾与抗倭事业。其中赈灾粮食惠及山东、浙江、湖广等灾区灾民十余万人，有效缓解灾区粮荒；前线军粮、药材供应显着补充，将士作战底气更足。此次核查，既严打宗教不良势力非法行径，又切实惠及民生、助力战事，一举两得，成效显着。”萧燊阅后龙颜大悦，传旨嘉奖温彦、谢明及核查专班全体官员。
玄夜卫指挥使陆冰，始终牢记萧燊“彻查宗教势力与倭寇勾结”之指令，于配合资产核查专班工作之同时，暗增对宗教场所内外勾结行为之侦查力度。他遴选麾下数十名精锐密探，经专门培训后，伪装成信众、商贩、游方僧人等不同身份，潜入沿海地区重点宗教场所，开展秘密侦查。陆冰亲定侦查方案，令密探重点关注宗教场所与海外商船往来情状，留意是否有不明身份人员频繁出入，是否存在传递隐秘信件等行为。
于福建泉州某知名寺院，玄夜卫密探伪装香客潜入后，经多日观察，发现诸多可疑：该寺院住持频繁与海外商船船长私下会面，每次皆择寺院最偏僻禅房，且会面时严禁任何人靠近；每日深夜，均有不明身份者身着黑衣，从寺院后门潜入，与住持密谈后悄然离去；寺院藏经阁看似寻常，实则戒备森严，除住持外，仅两名心腹僧人可入内。密探不敢打草惊蛇，持续潜伏侦查，终在一次深夜，趁黑衣人与住持密谈之际，悄然靠近禅房，隔窗听得关键信息——原来该住持受倭寇首领指使，以寺院为秘密联络据点，专司刺探沿海水师布防、军粮转运路线、战机部署等核心军情，再通过海外商船传递予倭寇；同时，该寺院还暗为倭寇提供淡水、粮食补给，协助倭寇奸细躲避水师巡查。密探趁机记录黑衣人脸貌特征，待其离去后悄然跟踪，获取其与倭寇商船联络之证据。
陆冰接密探汇报，深知此事关乎沿海海防安危，不敢耽搁，当即亲将侦查结果上报萧燊，并请协同浙闽沿海副总兵郑毅龙、福建按察使司佥事林文博开展抓捕行动。萧燊当即批准，下旨：“着陆冰、郑毅龙、林文博协同作战，务必将涉案人员悉