黑影回头，看到工藤夜一站在机房门口，手里拿着手电筒，眼神锐利。“你是谁？”黑影问道，声音沙哑。夜一笑了笑：“工藤夜一，侦探。你以为把他扔去海里，就能毁尸灭迹吗？”
黑影立刻朝夜一扑过来，手里的铁棍挥向夜一的头部。夜一侧身躲开，同时伸出右腿，绊倒黑影。黑影摔倒在地，铁棍掉在地上，夜一趁机上前，按住黑影的肩膀，另一只手抓住他的手腕，两招就把黑影制服了。
“你……你放开我！”黑影挣扎着，夜一拿出手铐（她之前协助警方办案时申请的备用手铐），把黑影的手铐住：“别费劲了，你跑不掉的。”夜一看了看地上昏迷的服部，还好只是晕过去了，没有受伤，便把服部拖到一边，让他靠在墙上休息。
与此同时，柯南正在和阿笠博士打电话，阿笠博士通过电脑查到了当年抢劫案的更多细节：“柯南，当年叶才三团伙有五个人，除了叶才三，还有龟田照吉、蟹江是久、海老名稔、鲸井定雄，他们都是渔民出身，后来一起抢劫银行。叶才三死后，赃款一直没找到，有人说被叶才三藏起来了，也有人说被同伙分了。”
“鲸井定雄！”柯南突然想起刚才在餐厅里，鲸井定雄看到叶才三的名字时异常冷静，而且他开运输公司，经常搬运东西，手指上应该有老茧，和尸体手指上的老茧吻合。“博士，你再查一下鲸井定雄的资料，看看他有没有用过‘古川大’这个名字！”
没过多久，阿笠博士回电话：“查到了！鲸井定雄十年前用过‘古川大’的化名，在大阪开了一家运输公司，后来倒闭了！而且，新佛尼号的旅行主办方，就是鲸井定雄暗中资助的！”
柯南挂了电话，立刻往机房跑，刚跑到机房门口，就看到夜一押着一个戴口罩的男人出来，服部平次靠在墙上，已经醒了过来。“柯南，你来得正好。”夜一说道，“我抓住凶手了，他就是鲸井定雄。”
鲸井定雄摘下口罩，脸色苍白：“你们……你们怎么知道是我？”柯南走到鲸井面前，说：“你以‘古川大’的名义寄信给服部，又用叶才三的名字把当年的同伙骗到船上，就是想在追诉时效过后，独吞二十年前的4亿元赃款。你先把蟹江是久叫到甲板上弄昏，脱下他的衣服，然后把龟田照吉约到机房杀害，因为龟田知道你想独吞赃款，你怕他泄露秘密。”
“你把龟田的尸体放进箱子，带到上层甲板，用绑了鞭炮的香烟伪造枪响，让我们以为是叶才三复仇。然后你把箱子搬到船尾的储物间，用香烟引发爆炸，烧毁尸体，让我们误以为尸体是蟹江是久。你还在箱子上插了一张一万元纸钞，模仿当年抢劫案的手法，转移我们的注意力。”
夜一拿出证据：“这是在你房间里找到的日记，上面的字迹和你运输公司的合同字迹一致，说明日记是你写的；这是你的手套，上面有火药的痕迹，和鞭炮上的火药一致；还有，船尾栏杆上的脚印，和你鞋子的尺码、纹路完全吻合。”
鲸井定雄还想狡辩：“不对！蟹江是久后来不是在船头自杀了吗？他的尸体还在海里！”柯南摇摇头：“那不是自杀，是你杀了他。你把昏过去的蟹江带到船头，假装他自杀，其实是用刀杀了他，然后把他的尸体扔到海里，伪造成自杀的假象。你以为这样就能让我们相信蟹江是凶手，畏罪自杀，但你没想到，海老名稔看到了你杀人的过程。”
这时，海老名稔从人群中走出来，脸色苍白：“是……是我看到的。我当年的女朋友，就是银行里被杀害的女职员，我这次来船上，是想带着炸药和你们同归于尽的，但我看到鲸井杀了蟹江，就知道他才是凶手。我把炸药藏在了房间的柜子里，没敢用……”
船员立刻去海老名稔的房间，果然找到了炸药，幸好没有引爆。鲸井定雄看着证据和海老名稔，再也无法狡辩，瘫坐在地上：“没错……是我杀了龟田和蟹江。当年叶才三把赃款藏在了一个岛上，只有我知道位置，我本来想等追诉时效过了，就去拿赃款，没想到龟田和蟹江也知道了，还想分赃，我只能杀了他们……”
鲛崎岛治走到鲸井面前，眼神冰冷：“你不仅杀了龟田和蟹江，当年我女儿的死，也和你有关！当年流弹就是你开的枪！”鲸井定雄愣了一下，然后苦笑道：“是……是我不小心开的枪，我不是故意的……”
“不是故意的？”鲛崎的声音颤抖，“我女儿才15岁，她的人生还没开始，就被你毁了！你现在说不是故意的，有什么用？”
柯南看着鲸井，心里叹了口气，他拿出蝴蝶结变音器，走到毛利小五郎身边，趁毛利不注意，用麻醉针射中了他的后颈。毛利小五郎晃了晃，靠在墙上，闭上眼睛。柯南躲到柱子后面，调到毛利的声音：“大家都过来，我已经知道案件的真相了！”
众人围过来，鲛崎岛治问道：“毛利老弟，真相是什么？凶手是谁？”柯南清了清嗓子，开始详细推理，从鲸井定雄如何策划旅行，到如何杀害龟田和蟹江，如何伪造证据，每一个细节都讲得清清楚楚