灰原看着实验室里的设备，突然想到什么：“通风管道里的易燃气体，是通过管道从外面输送进来的，只要找到输送管道的阀门，就能关闭气体供应！”她带领众人往实验室的角落跑去，那里果然有一个红色的阀门，上面写着“气体控制阀”。
夜一立刻转动阀门，气体泄漏的声音渐渐消失。琴酒的声音再次传来，带着愤怒：“可恶！雪莉，你以为这样就能逃掉吗？我会让你们付出代价的！”扬声器里传来一阵电流声，然后就没了动静。
众人松了口气，目暮警官立刻联系外面的警员，让他们去柯南找到的经纬度位置埋伏。然后带领众人从实验室的秘密出口离开，回到了地面。
“虽然没能抓住琴酒，但我们毁掉了组织的核心实验室，还找到了他们的新据点，已经算是成功了。”柯南看着远处的夜空，轻声说，“而且我们还有软盘里的资料，只要研发出解毒剂，就能彻底摆脱组织的威胁。”
夜一拍拍他的肩膀：“没错，接下来我们要做的，就是和博士、灰原一起，加快解毒剂的研发，同时配合警方，摧毁组织的新据点。总有一天，我们会把组织彻底消灭，让所有被他们伤害的人，都能得到救赎。”
灰原看着两人坚定的眼神，嘴角露出了一丝淡淡的笑容。她知道，未来的路还很长，还会有很多困难和危险，但只要和柯南、夜一、阿笠博士，还有少年侦探团的大家在一起，她就有勇气走下去，去迎接属于自己的光明。
车子行驶在回家的路上，月光透过车窗，洒在众人的脸上。柯南拿出手机，给阿笠博士打了个电话，告诉他们事情的经过。电话那头，直树和俊也的声音传来，带着感激和安心。
夜一转头看向灰原，发现她已经靠在椅背上睡着了。她的呼吸很轻，长长的睫毛在月光下投下浅浅的阴影，原本紧蹙的眉头也舒展开来，看起来少了平日的清冷，多了几分柔和。夜一放慢了呼吸，悄悄调整了座椅角度，让她靠得更舒服些，又把外套往上拉了拉，盖住她露在外面的手腕。
柯南从后视镜里看到这一幕，嘴角勾起一抹浅笑，悄悄把手机调成了静音模式——他可不想打扰这份难得的安宁。目暮警官坐在副驾驶座上，看着窗外掠过的路灯，轻声感叹：“没想到真的有这样的组织存在，还好有你们这些孩子，不然我们还被蒙在鼓里。”
车子驶入市区时，天边已经泛起了鱼肚白。阿笠博士早已在门口等候，看到他们回来，立刻迎了上去：“怎么样？有没有遇到危险？直树和俊也一直在担心你们。”
“放心吧博士，我们没事。”柯南跳下车，伸了个懒腰，“虽然让琴酒跑了，但我们毁掉了他的实验室，还找到了新据点的线索，算是大获全胜！”直树和俊也也从屋里跑出来，看到夜一和灰原平安归来，脸上露出了开心的笑容。
灰原被门口的动静吵醒，揉了揉眼睛，看到熟悉的环境，心里瞬间安定下来。夜一伸手扶她下车，轻声说：“累了吧？先去楼上休息一会儿，早餐我让博士准备你爱吃的三明治。”灰原点点头，跟着阿笠博士往门口走去，走了两步，又回头看了夜一一眼，眼底带着一丝不易察觉的暖意。
接下来的几天，少年侦探团暂时停下了委托任务，全力协助阿笠博士和灰原研发解毒剂。柯南把黄昏馆的经纬度信息交给了警方，目暮警官带领警力对废弃工厂进行了秘密监控，只等合适的时机一举捣毁组织的新据点。
直树和俊也的父母从外地赶回来后，特意带着兄弟俩来到阿笠博士家道谢。直树把夏目漱石的肖像画送给了柯南，说：“这幅画里藏着爸爸的心愿，现在交给你们，一定能帮爸爸完成摧毁组织的目标。”柯南郑重地接过画，说：“我们一定会的，绝不会让你爸爸的努力白费。”
周末的清晨，帝丹小学的操场上，少年侦探团的五人围坐在一起。元太啃着鳗鱼饭团，含糊不清地说：“下次我们还要一起破案！最好是能抓住那些黑衣人，让他们再也不能欺负人！”光彦推了推眼镜，点头附和：“没错！我们还要帮博士找到解毒剂！”
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步美看着柯南和灰原，笑着说：“柯南和灰原总是一起研究资料，就像小夫妻一样呢！”灰原的脸瞬间红了，连忙低下头假装看草地；柯南也有些尴尬，挠着头说：“步美，别乱说啦！我们只是在研究解毒剂而已！”夜一坐在旁边，看着两人慌乱的样子，忍不住笑了起来——他知道，这份悄悄萌发的情愫，会和他们对抗组织的决心一起，慢慢生根发芽。
夕阳西下时，夜一送灰原回家。走到阿笠博士家楼下，灰原突然停下脚步，从口袋里掏出一个小小的玻璃瓶，递给夜一：“这是我用软盘里的资料，调配出的初步解毒剂样本，虽然还不能让人完全变回原样，但能暂时缓解药物的副作用。”
夜一接过玻璃瓶，看着里面淡蓝色的液体，心里满是感动：“谢谢你，灰原。”
“不用谢。”灰原的脸颊微微泛红，“其实……要