半小时后，车子到达黄昏馆附近。目暮警官让警员们在周围布控，防止组织的人逃跑，然后带着柯南、夜一、灰原，小心翼翼地靠近别墅。黄昏馆的外墙已经被大火烧得漆黑，窗户破碎不堪，门口杂草丛生，看起来阴森恐怖。
柯南拿出手电筒，照亮门口的地面：“大家小心，地上可能有陷阱。”夜一则仔细检查门口的门锁，发现门锁已经生锈，但上面有新鲜的划痕，说明最近有人来过。
“门锁是被人撬开的，组织的人肯定已经在里面了。”夜一从口袋里掏出一根铁丝，轻轻插入锁孔，很快就打开了门。四人走进别墅，一股灰尘和霉味扑面而来，客厅里的家具早已腐烂，地上散落着破碎的玻璃和木头。
“地下室的入口应该在书房里。”灰原根据图纸的提示，带领众人往书房走去。书房里的书架已经倒塌，地上有一个被木板盖住的洞口，木板上有明显的挪动痕迹。
目暮警官示意警员们做好准备，然后和夜一一起掀开木板。洞口下面是一段陡峭的楼梯，散发着一股阴冷的气息。柯南用手电筒照了照楼梯，发现楼梯上没有灰尘，说明经常有人上下。
“我们下去吧，注意保持安静。”柯南带头走下楼梯，夜一和灰原跟在后面，目暮警官和几名警员殿后。楼梯下面是一条长长的走廊，走廊两侧的墙壁上，每隔一段距离就有一盏应急灯，发出微弱的红光，将周围的影子拉得很长。
走了大概几十米，走廊尽头出现了一扇铁门。铁门上有一个密码锁，密码锁旁边贴着一张纸条，上面写着：“解开夏目漱石的谜题，才能打开真相之门。”
“又是夏目漱石的谜题！”柯南皱起眉头，开始思考。灰原则盯着密码锁，轻声说：“密码锁是四位数，夏目漱石的作品里，有没有和数字相关的内容？”
夜一突然想起什么：“《我是猫》里，主人公曾经说过‘我出生在明治三十八年’，明治三十八年就是1905年；还有《少爷》的出版年份是1906年，《心》是1914年……”
“不对，”柯南摇摇头，“之前教授的软盘密码是结合了诞辰和代号，这次的谜题可能和画里的暗号有关。画里的暗号是‘3-15，7-22，12-9’，如果把这些数字转换成月份和日期，3月15日是夏目漱石的忌日，7月22日是《我是猫》的首发日，12月9日是他的结婚纪念日……”
“忌日、首发日、结婚纪念日……”灰原突然眼前一亮，“这些日子对应的数字，会不会就是密码？315、722、1209，但密码锁是四位数，说不定是取每个日期的最后两位？15、22、09，不对……”
就在这时，柯南注意到密码锁旁边的墙壁上，刻着一行小字：“猫的眼睛，看到了数字的秘密。”他立刻想到《我是猫》里，主人公经常透过窗户看外面的世界，“猫的眼睛……窗户！书房里的窗户，是不是对应着什么数字？”
众人立刻回到书房，柯南仔细观察书房的窗户。窗户是方形的，分成了九宫格，其中有几格玻璃上有细微的划痕，组成了数字“1”“9”“0”“5”——正是《我是猫》主人公出生的年份1905年！
“密码是1905！”柯南立刻跑回地下室，在密码锁上输入“1905”。随着“咔哒”一声，铁门缓缓打开，里面是一个巨大的实验室。实验室里摆满了各种实验设备，架子上放着很多装着液体的试管，墙上的屏幕上显示着APTX4869的实验数据。
“这里就是组织的核心实验室！”灰原看着眼前的一切，身体微微发抖——这里和她曾经在组织里待过的实验室一模一样，充满了冰冷的药水味和死亡的气息。
突然，实验室的灯光瞬间亮起，琴酒的声音从扬声器里传来，带着冰冷的嘲讽：“雪莉，我们就知道你会来这里。你以为找到软盘，找到黄昏馆，就能摧毁组织吗？太天真了。”
柯南和夜一立刻警惕起来，环顾四周：“琴酒！你出来！别躲在暗处装神弄鬼！”
“别急，”琴酒的声音继续传来，“我给你们准备了一份礼物。实验室的通风管道里，装满了易燃气体，只要我按下开关，这里就会变成一片火海。你们只有十分钟的时间，要么交出软盘和画里的线索，要么和这里一起毁灭。”
夜一立刻检查通风管道，发现里面果然有气体泄漏的声音。目暮警官赶紧让警员们寻找出口：“大家快找出口，我们不能被困在这里！”
柯南则盯着墙上的屏幕，突然发现屏幕上的实验数据里，有一串奇怪的代码：“E-07，S-12，W-03，N-18”。“这是经纬度！”柯南立刻拿出手机，输入代码，发现对应的位置是市郊的一个废弃工厂——和之前假钞团伙的窝点很近！
“琴酒肯定把核心资料转移到了那个工厂！”柯南大声说，“我们必须尽快离