联合舰队迅速展开防御阵型，星源毁灭炮和各文明的主力武器同时充能，准备迎接战斗。然而，暗晶文明的舰队早已做好了准备，他们的舰船配备了偷取的星源技术和暗影能量武器，一上来就发起了猛烈的攻击。黑色的暗影能量束和金色的星源能量束在宇宙中交织，爆炸的火光照亮了时空裂隙带。
“暗晶文明，你们违背盟约，勾结叛乱势力，必将受到严惩！”李昊通过量子晶通讯器怒斥道。
“林墨能掌控星源之力，我们为什么不能掌控创世之力？”暗晶文明的指挥官冷笑一声，“创世遗迹的技术属于强者，今天，我们就要夺走它！”
就在联合舰队与暗晶舰队激战之际，遗迹内部的探测小队遭遇了麻烦。掠夺者残余势力的登陆部队也冲进了遗迹，与探测小队发生了激烈的交火。混乱中，一名掠夺者士兵不慎撞到了一座雕像，雕像底座的能量公式被破坏，一道黑色的能量从雕像中涌出，击中了中央的创世水晶。
“不好！雕像被破坏，创世水晶的封印松动了！”陈博士通过探测小队的摄像头看到这一幕，惊恐地大喊道。
创世水晶被黑色能量击中后，内部的微型宇宙开始紊乱，原本平衡的本源能量瞬间失衡，一股恐怖的混沌能量从水晶中喷涌而出，席卷了整个遗迹空间。接触到混沌能量的掠夺者士兵瞬间被吞噬，化为一团无序的粒子；探测小队成员及时启动了星源防御盾，才勉强抵御住混沌能量的侵蚀，但防御盾的能量在飞速下降。
“混沌本源！这是创世文明封印的混沌本源！”拉斐尔二世的声音带着绝望，“传说中，创世文明为了创造有序的宇宙，将混沌本源封印在创世水晶中，一旦封印松动，混沌能量就会吞噬一切有序的存在，让宇宙回归原始的混沌状态！”
混沌能量不断从创世水晶中涌出，突破了遗迹的束缚，朝着外部的舰队蔓延而去。被混沌能量触及的舰船，舰体瞬间开始瓦解，金属化为液态，能量系统失控爆炸。暗晶舰队的一艘主力战舰被混沌能量笼罩，短短几秒钟就化为一团无序的物质，彻底消失在宇宙中。
“联合舰队，立刻撤离时空裂隙带！启动星源共振阵，构建临时屏障，阻挡混沌能量扩散！”李昊果断下令。
联合舰队迅速调整方向，朝着时空裂隙带的外围撤离。二十艘超级旗舰同时启动星源共振阵，金色的能量汇聚成一道巨大的屏障，暂时挡住了混沌能量的蔓延。但混沌能量的威力远超想象，屏障上很快就出现了细密的裂纹，能量以肉眼可见的速度下降。
“屏障撑不了多久！请求银河文明和盟约总部紧急支援！”李昊对着通讯器大喊道。
希望星的银河议会大厅内，林墨正在召开跨星合作理事会会议，接到李昊的紧急汇报后，脸色瞬间变得凝重。“混沌本源觉醒，这是关乎整个本超星系团存亡的危机！”林墨立刻站起身，“命令银河舰队全员集结，携带所有星源净化设备，前往时空裂隙带支援联合军团！通知宇宙文明盟约总部，启动最高级别的紧急预案，号召所有核心文明派遣舰队支援！”
消息如同惊雷般传遍整个本超星系团，各核心文明纷纷响应，派出精锐舰队前往时空裂隙带。光明天使文明的圣光舰队、时空行者文明的时空舰队、岩石之灵文明的岩石舰队，陆续从各个星系出发，朝着危机中心疾驰而去。
三天后，林墨率领的银河舰队抵达时空裂隙带，与联合军团汇合。此时，联合舰队的临时屏障已濒临崩溃，混沌能量已扩散至十光年范围，无数的时空裂隙被混沌能量扩大，形成了一片巨大的混沌区域。
“林墨阁下，您终于来了！”李昊登上“永恒号”旗舰，脸上布满了疲惫和焦虑，“混沌本源的能量越来越强，我们的星源屏障最多还能支撑一小时！”
林墨走到指挥中心的全息屏幕前，看着不断扩大的混沌区域，眼中闪过一丝决绝：“命令所有支援舰队，组成‘宇宙本源防御阵’，以星源之力、圣光之力、时空之力和岩石之力为基础，构建四重防御屏障，压制混沌能量的扩散！科研团队，立刻分析创世遗迹的能量结构，寻找重新封印混沌本源的方法！”
各文明舰队迅速调整阵型，按照林墨的指令，组成了巨大的宇宙本源防御阵。金色的星源能量、银白色的圣光能量、蓝色的时空能量和土黄色的岩石能量交织在一起，形成了一道四重叠加的防御屏障，如同一个巨大的宇宙茧，将混沌区域牢牢包裹。混沌能量撞击在屏障上，发出震天的巨响，屏障剧烈震颤，但始终没有破裂。
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科研团队在林墨的带领下，通过星源探测器深入分析创世遗迹的能量结构，发现十二座雕像分别对应着十二种宇宙基本法则，正是封印混沌本源的关键。之前暗晶文明破坏了其中一座“生命法则”雕像，导致封印松动，只要修复雕像，并重新激活十二座雕像的能量共鸣，就能再次封印