两人悄悄溜到船舱二楼，按照客房表的指示找到“叶才三”的房间，门没有锁。推开门，里面空无一人，行李架上没有行李，桌上只有一个空的玻璃杯，窗户开着，海风吹进来，带着咸涩的气息。
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“没人。”柯南检查了一下房间，“看起来根本没人住过。”
“是故意放出的假消息。”服部平次走到窗边，看着甲板上的人群，“有人想看看，当叶才三的名字出现时，谁会露出马脚。”
柯南注意到桌角有一个淡淡的划痕，像是用指甲刻出来的，形状很像一个“三”字。他拿出手机拍照，心里隐隐觉得，这个房间的主人或许留下了什么线索。
四、甲板枪声与燃烧的旗帜
傍晚时分，夕阳把海面染成了金色。晚宴开始前，乘客们陆续来到甲板上欣赏海景。兰和园子在拍照，小五郎则缠着船员打听晚上的菜单，少年侦探团围在阿笠博士身边，听他讲海洋生物的知识。
柯南和服部平次假装看海，实则观察着那几个神色异常的乘客。龟田照吉喝了很多酒，脸色通红，嘴里念念有词；蟹江是久坐在角落，不停地看手表；鲸井定雄则和矶贝渚说着什么，表情严肃；鲛崎岛治站在栏杆边，望着夕阳，背影显得格外落寞。
“夜一哥，灰原，你们看。”柯南用眼神示意他们看鲸井定雄的手，他的右手食指上有一道很深的疤痕，像是被什么利器划伤的。
夜一点头：“二十年前的案卷里提到，叶才三的右手食指有同样的疤痕，是小时候被渔网划伤的。”
灰原看着矶贝渚：“她好像在给鲸井定雄使眼色，让他去船舱方向。”
就在这时，“砰”的一声巨响，像是枪声，从甲板的另一端传来。紧接着，有人大喊：“着火了！旗子着火了！”
众人惊慌地跑过去，只见船尾的日本国旗被火焰包裹，熊熊燃烧着，旗杆上插着一把刀，刀上挂着一个信封。船员们急忙拿来灭火器灭火，鲛崎岛治走上前，小心地取下信封，打开一看，里面是一张一万元的纸钞，上面用红笔写着一行字：“二十年的债，该还了。”
鲸井定雄看到纸钞上的字，突然双腿一软，差点摔倒，嘴里喃喃道：“是他……是叶才三回来了……”
“叶才三不是死了吗？”龟田照吉醉醺醺地说，“当年明明是你提议把他扔进海里的，鲸井！”
“你胡说什么！”鲸井定雄厉声反驳，脸色惨白。
服部平次悄悄对柯南说：“这枪声和火灾太刻意了，像是在警告什么人。”
柯南点头：“去看看枪声是从哪里来的。”
两人跑到甲板另一端，那里放着几个空的油漆桶，其中一个桶里有一根燃烧过的香烟，烟头上绑着一小截鞭炮，引线已经烧完了。
“枪声是假的，是用鞭炮和油漆桶制造的声音。”柯南捡起烟头，“有人故意用这种方式引起恐慌。”
服部平次看着燃烧后的旗帜：“旗子上肯定涂了助燃剂，才能烧得这么快。”
这时，船尾突然传来一声巨响，像是爆炸，紧接着是船员的尖叫：“船尾的仓库爆炸了！里面好像有人！”
众人赶到船尾，只见仓库的门被炸毁，浓烟滚滚，火光冲天。船员们用灭火器灭火，等火势变小后，阿笠博士戴着防毒面具，小心翼翼地走进去，很快又退了出来，脸色凝重：“里面有一具烧焦的尸体，已经辨认不出面目了。”
鲛崎岛治拿出手机报警，但海上没有信号，只能通过船上的无线电联系最近的港口警局，对方说最快也要明天早上才能赶到。
“看来今晚只能靠我们自己了。”鲛崎岛治看着柯南和服部平次，眼神锐利，“两个小鬼，看起来很懂侦探的事嘛。”
柯南和服部平次对视一眼，知道这场旅行，已经变成了一场与时间赛跑的破案游戏。
五、焦尸的疑点与叶才三的女儿
警察赶到前的几个小时，船上的气氛异常凝重。乘客们被安排在餐厅休息，船员们则在清理爆炸现场，那具烧焦的尸体被暂时安置在仓库的角落，用布盖着。
柯南和服部平次借故溜进仓库，夜一和灰原则在外面望风。柯南掀开布，仔细检查尸体，发现死者穿着一件花衬衫，和龟田照吉白天穿的那件很像，手腕上戴着一块手表，表盘已经被烧黑了，但指针停留在六点十五分。
“手表戴反了。”柯南注意到，手表的表盘朝向手腕内侧，“一般人不会这么戴表。”
服部平次检查尸体的手指：“右手食指没有疤痕，不是叶才三。”他又检查了尸体的胳膊，“胳膊是伸直的，像是被人刻意摆过姿势。”
“仓库里有一个打开的油桶，旁边有一根烧焦的香烟，和甲板上的一样。”柯南指着角落，“爆炸是人为制造的，用香烟点燃汽油，延迟爆炸时间，制造不在场证明。”
两人走出仓库，夜一低声说：“