经过短暂的商议，最终决定由小兰和工藤夜一来操控飞机降落。柯南深知此时时间紧迫，他迅速从口袋里掏出地图，在狭小的空间里展开，仔细地寻找着合适的降落地点。他的眼神在地图上飞速移动，额头冒出了细密的汗珠。就在他一筹莫展之际，步美天真地指着地图上的一个地方说：“柯南，你看这个码头好大呀，飞机能不能降落在那里呢？”柯南顺着步美指的方向看去，心中一喜，这个码头的长度和位置似乎都符合飞机降落的条件。“步美，你可真是帮了大忙了！”柯南兴奋地说道。
然而，要在码头降落飞机并非易事，还需要有明显的跑道标识。这时，怪盗基德再次出现，他站在飞机的机翼上，如同一位潇洒的侠客。他利用自己的智慧和技巧，通过无线电设备引来了警车车队。警车们从四面八方疾驰而来，整齐地排列在码头上，用车灯为飞机模拟出了跑道的位置。基德的身影在灯光的映照下显得格外神秘，他的嘴角带着一丝自信的微笑。
柯南急忙用变声器以新一的身份给小兰打电话，他尽量让自己的声音听起来镇定而有力：“小兰，别害怕，你可以的。按照我说的做，我们一定能成功降落。”电话这头，小兰紧紧握着操纵杆，她的手心已满是汗水，指关节因为用力而泛白。但听到新一的声音，心中还是涌起了一股勇气。“新一，我会努力的！”小兰坚定地回答道。
通话期间，工藤夜一在一旁协助小兰，他一边按照柯南的指示操作仪器，一边不停地叫着：“新一哥哥，下一步怎么做？”由于工藤夜一和工藤夜一的哥哥工藤新一都接受过父亲工藤优作的驾驶培训，对飞机的操作并不陌生，他凭借着自己的记忆和技能，全力配合着小兰。他的眼神专注地盯着仪表盘，双手熟练地操作着各种按钮，仿佛与飞机融为一体。
飞机在小兰和工藤夜一的操控下，缓缓朝着码头降落。可就在即将降落的关键时刻，飞机的起落架却出现了故障，无法正常放下。柯南在电话那头迅速思考着应对之策，他冷静地说：“小兰，夜一，不要慌张，尝试手动操作起落架。在仪表盘的左下角，有一个红色的按钮，旁边标有‘起落架手动’的字样，按下它试试。”
小兰和工藤夜一按照柯南的指示，在飞机仪表盘上寻找手动操作起落架的按钮。飞机离码头越来越近，每一秒都充满了紧张和惊险。窗外的景物飞速掠过，风声呼啸着灌进机舱。终于，工藤夜一找到了按钮，他用力按下，起落架缓缓放下。齿轮转动的声音在寂静的机舱内格外清晰，仿佛是希望的钟声。
飞机的轮胎与码头地面接触的瞬间，发出了一阵刺耳的摩擦声。飞机在码头上滑行了一段距离后，终于稳稳地停了下来。机舱内爆发出一阵欢呼声，所有乘客都为这次死里逃生而激动不已。一些乘客喜极而泣，相互拥抱；一些乘客则欢呼着，感谢着小兰和工藤夜一。
降落之后，小兰以为刚刚通话的是怪盗基德假扮的新一，她想起自己在通话中对新一深情告白的那些话，顿时羞红了脸。她的脸颊如同熟透的苹果，心中满是羞涩和尴尬。而工藤夜一则调皮地来了一句：“小兰姐姐啊不未来嫂子好啊。”说完便被害羞的毛利兰追着打。工藤夜一边跑边说：“未来嫂子好凶啊，哥哥这是找了一个母老虎吗？”机舱内的紧张氛围在这欢声笑语中渐渐消散，大家都为成功脱险而感到庆幸。
柯南看着眼前的场景，心中也松了一口气。但他知道，这一系列事件背后似乎隐藏着更深的秘密。怪盗基德为何会对“命运的宝石”如此执着，飞机上的密室杀人案又是谁策划的，这一切是否都有着某种关联？柯南的眼神变得坚定起来，他决定继续深入调查，揭开这些谜团背后的真相。
此时，警方也赶到了码头，对飞机上的密室杀人案展开了正式调查。柯南、工藤夜一和灰原哀决定留下来协助警方，他们相信，只要大家齐心协力，一定能找出真正的凶手，解开这一连串复杂事件的谜团。
警方对飞机上的每一位乘客都进行了详细的询问，收集了大量的证词。柯南和工藤夜一则再次回到案发现场，试图寻找更多被遗漏的线索。他们如同两只敏锐的猎犬，仔细检查了卫生间的每一个角落，甚至还查看了飞机的通风管道，希望能从中发现一些蛛丝马迹。
在通风管道里，柯南发现了一个小型的发射器，这个发射器看起来像是用来发射暗器的。它的材质是一种特殊的合金，质地坚硬且轻便，上面还刻有一些奇怪的符号。柯南推测，凶手可能就是通过这个发射器，在卫生间外将带有毒药的暗器射向死者，然后利用某种方法制造了密室的假象。“看来凶手是有备而来，这个发射器应该是特制的。”柯南一边观察一边说道。
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工藤夜一则在死者的座位附近找到了一本笔记本，笔记本上记录着一些与舞台剧相关的信息，还有一些奇怪的符号和数字。经过一番研究，他们发现这些符号和数字似乎与一个神