第六幕：玫瑰下的毒刺
警方很快封锁了暗鸦物流的办公室，从监控硬盘里恢复出更多内容：“R组织”的核心成员代号多与鸟类相关——夜鸦（行动组）、白隼（情报组）、渡鸦（技术组），而最高层的“主脑”从未露面，只在通讯记录里以“先生”相称。
技术科在黑色玫瑰的花茎里发现了微型追踪器，上面的芯片型号与上原健太手机里的一致。“他们想通过我们找到更多实验体。”柯南将追踪器扔进证物袋，“名单上的23号实验体备注是‘逃逸’，也许是唯一的突破口。”
灰原突然想起什么，翻出医院的旧档案：“我姐姐宫野明美当年的同事里，有个叫‘阿哲’的研究员，后来突然失踪，听说他左腿受过伤。”档案照片上的青年笑容温和，左手手腕有个模糊的印记，像字母“R”。
“阿哲……”夜一猛地想起什么，从手机里翻出一张老照片——那是三年前他在医院做志愿者时拍的，背景里有个跛脚的清洁工，侧脸和阿哲重合。“他当时在肿瘤病房打扫，总给孩子们讲故事。”
三人立刻去医院查人事记录，却被告知“阿哲”在一年前就离职了。但护士长记得他：“他说要去照顾生病的妹妹，走之前捐了一大笔钱，说是给重症患儿的。”柯南注意到捐款记录的日期——正是上原健太被“绑架”的前三天。
“他在暗中保护实验体。”灰原盯着照片上的印记，“这不是‘R’，是被烫伤的疤痕，形状像而已。”夜一突然指着照片角落：“这张海报！是城西化工厂的旧宣传画，他背后别着的钥匙串，和游乐园兜帽人掉的那个一样！”
钥匙串上挂着个小牌子，刻着“704”——暗鸦物流的门牌号。但更关键的是牌子背面的刻痕，像化学元素周期表的符号。灰原将符号输入电脑，跳出的是一串坐标，指向化工厂的地下仓库。
“他故意留线索给我们。”柯南眼中闪过明悟，“夜鸦是看守，阿哲是卧底，他想借我们的手端掉实验室。”
第七幕：地下实验室的微光
化工厂的地下仓库入口藏在废弃的反应釜后面，门被密码锁挡住。夜一想起阿哲钥匙串上的日期“0618”——这是宫野明美的忌日。输入后，门“嗡”地打开，一股福尔马林的气味扑面而来。
仓库被隔成十几个玻璃舱，有的空着，有的残留着血迹。中央的操作台摆满了试管，其中一支贴着“07号适配剂”的标签，液体是诡异的紫色。柯南用手机拍下标签上的化学式，灰原一眼认出：“这是将动物基因片段植入人体的试剂，会导致器官衰竭。”
最里面的舱体里有台电脑，屏幕亮着，显示着未发送的邮件：“主脑计划用适配剂控制议员，下周三的慈善晚宴是他们的第一步……”邮件附件是晚宴嘉宾名单，第一个就是首相的名字。
突然，警报响起，红色灯光闪烁，广播里传出夜鸦的声音：“既然来了，就别想走了。”仓库的铁门开始下降，夜一扑过去用撬棍卡住门缝，大喊：“快拷贝数据！”柯南和灰原趴在电脑前，手指飞快敲击，进度条走到99%时，夜鸦带着两个黑衣人冲了进来。
夜一挥舞撬棍挡住第一波攻击，黑衣人手里的电击棍滋滋作响，他侧身避开时，后腰被划了一刀，血瞬间浸透了衬衫。“快走！”他将撬棍塞进门缝，自己顶住门，“我随后就到！”
柯南拉着灰原从通风管道钻出去时，身后传来夜一的闷哼和电击棍的响声。等他们带着警察赶到，仓库里只剩倒在地上的黑衣人，夜一和夜鸦都不见了，地上有串血迹，通向仓库深处的秘密通道。
第八幕：黎明前的对峙
通道尽头是间密室，夜鸦用枪指着夜一的头，阿哲（林默）站在中间，脸上的疤痕因愤怒而扭曲：“你以为卧底能瞒多久？”夜鸦冷笑：“主脑早就知道，留着你，就是为了引他们来当新的实验体。”
“你错了。”阿哲突然扯开衬衫，胸口有个炸弹，“我在试剂里加了反制成分，今晚所有用了适配剂的人都会失效。”夜鸦脸色骤变，扣动扳机的瞬间，夜一猛地撞向他的手腕，子弹打在天花板上。
三人扭打在一起时，密室的门被炸开，柯南举着麻醉枪射中夜鸦的腿，警察一拥而上。阿哲看着被按倒的夜鸦，突然笑了：“明美，我做到了。”他胸口的炸弹计时器停在00:01，那是宫野明美最喜欢的数字。
审讯室里，夜鸦终于松口：“主脑是慈善晚宴的主办方之一，姓赵。”警方立刻布控，晚宴当晚，当赵先生举起酒杯时，杯沿的荧光剂在特殊灯光下亮起——那是适配剂的标记。人赃并获时，他口袋里的U盘存着所有实验数据，其中就有23号实验体的照片——是个扎着马尾的女孩，和灰原小时候一模一样。
“原来我也是他们的目标。”灰原看着照片，声音有些发颤。柯南拍了拍她的肩：“但现在，结束了。”
夜一的伤口被包扎好，阿哲隔着铁窗对他说：“那道疤，是当年救一个实