没过多久，目暮警官带着警方人员赶到了神海岛。经过调查，警方在松本光次的潜水装备上发现了死者的指纹，更令人震惊的是，通过指纹比对，发现松本光次竟然是国际通缉犯，涉嫌多起文物走私案。
“看来宝藏的传言不是空穴来风。”目暮警官皱着眉头，“松本这种人都来神海岛了，说明这里确实有宝藏，而且很可能已经被人找到了。”
柯南和夜一对视一眼，都从对方眼里看到了担忧——宝藏的诱惑已经引来凶手，接下来恐怕还会有更多危险。
三、博物馆失窃与狙击惊魂
第二天一早，神海岛就传来了坏消息——博物馆里的弯刀和手枪被盗了！
柯南和夜一赶到博物馆时，现场一片狼藉。展柜的玻璃被打碎，地上散落着玻璃碎片，保安倒在地上，已经失去了意识。目暮警官正在询问值班人员：“昨晚有没有发现可疑人员？”
“昨晚我看到两个男人在博物馆附近徘徊，他们穿着黑色的衣服，戴着口罩，看不清脸。”值班人员回忆道，“我以为是游客，就没在意，没想到他们竟然是小偷。”
夜一蹲在展柜旁，仔细观察着玻璃碎片：“碎片上有胶水的痕迹，说明凶手先用胶水粘住玻璃，再用工具打碎，这样不会发出太大的声音，也能防止玻璃碎片溅得到处都是。”他又检查了保安的身体，“保安的脖子上有针孔，应该是被麻醉针射中了，凶手很专业。”
柯南则在周围寻找脚印，很快在博物馆后门的草地上发现了两个模糊的脚印：“脚印的尺码很大，应该是男人的，而且鞋底有特殊的花纹，跟松本光次的鞋子花纹很像，但又有点不一样，可能是另一个宝藏猎人。”
就在这时，外面突然传来一声枪响。众人立刻冲出去，只见不远处的巷子里，两个男人倒在地上，身上有枪伤，旁边还掉着一个黑色的背包——正是装着弯刀和手枪的背包。而在巷子的屋顶上，一个黑影正拿着狙击枪，准备再次射击。
“小心！”夜一突然大喊，同时把身边的步美扑倒在地。子弹擦着步美的头发飞过，打在墙上，留下一个深深的弹孔。夜一迅速从书包里掏出一个小小的烟雾弹（是阿笠博士发明的玩具烟雾弹，却能起到掩护作用），拉开保险栓扔了出去。
烟雾弥漫开来，屋顶的狙击手失去了目标。夜一趁机爬上屋顶，只见那个狙击手穿着黑色的风衣，正准备逃跑。夜一虽然年纪小，但动作很灵活，他快速跑到狙击手身后，伸出脚绊了对方一下，狙击手重心不稳，摔在屋顶上。
“不许动！”夜一指着狙击手，声音坚定。狙击手恼羞成怒，掏出匕首朝着夜一刺去。夜一灵活地躲开，同时抓住对方的手腕，用力一拧，匕首掉在地上。他又用膝盖顶了一下狙击手的肚子，狙击手疼得蜷缩在地上，夜一趁机拿出绳子，把他捆了起来。
等警方赶到时，狙击手已经被夜一制服。目暮警官惊讶地看着眼前的一年级小学生，忍不住赞叹：“工藤同学，你真是太厉害了！跟你爸爸工藤优作一样，都是破案的高手！”
夜一不好意思地挠挠头：“我只是跟爸爸学了点防身术，还有柯南教我的推理技巧。”他指了指地上的两个男人，“他们应该就是偷弯刀和手枪的人，被狙击手袭击，看来背后还有人指使。”
经过审讯，两个男人承认自己是受雇于某个神秘人，来偷弯刀和手枪，却没想到事成后会被灭口。而那个狙击手，也只是拿钱办事，不知道雇主的真实身份。
“看来幕后黑手很谨慎，不想让人知道他的身份。”柯南皱着眉头，“而且他要弯刀和手枪，很可能是为了打开海底宫殿里的某个机关，找到真正的宝藏。”
夜一突然想起美马先生家里的老照片：“美马先生年轻时去过海底宫殿，说不定他知道些什么。咱们去找他问问吧。”
众人来到美马先生的民宿，却发现美马先生正坐在院子里，手里拿着一张泛黄的藏宝图，眼神复杂。看到柯南和夜一，他愣了一下，随即叹了口气：“你们都知道了？其实我年轻时也是个寻宝人，跟松本他们一样，为了宝藏差点丢了性命。”
他指着藏宝图上的标记：“这张藏宝图是我爷爷传下来的，上面标记着海底宫殿的位置，还有宝藏的秘密。其实所谓的宝藏，不是金银珠宝，而是Anne Bonny和Mary Read留下的航海日志，里面记录了她们反抗压迫的故事，还有一些不为人知的历史真相。”
夜一盯着藏宝图，突然眼睛一亮：“美马先生，少年侦探团玩的寻宝游戏，地图跟这张藏宝图很像！是不是岩永课长根据这张图做的？”
美马先生点点头：“岩永知道我有藏宝图，他说想让游客体验寻宝的乐趣，就跟我要了复印件。不过他可能没告诉你，寻宝游戏的地图不仅是游戏，还藏着真正的线索——宝藏就在鸬鹚岛周围海域，而且入口很小，只有小