柯南和夜一悄悄绕到工厂侧面，找到一处破损的窗户，轻轻推开一条缝隙往里看。工厂内部昏暗，只有几盏应急灯亮着，黑田信长穿着黑色风衣，手里拿着一个炸弹遥控器，另一只手抓住老人的衣领，将老人挡在身前。老人吓得浑身发抖，脸色苍白。
“把手稿交出来！不然我就引爆炸弹！”黑田的声音嘶哑，带着威胁的语气。工厂门口，几名警察举着盾牌，不敢轻易上前。柯南注意到，黑田的脚边放着一个金属盒子，盒子上有几根导线连接着炸弹，而他的注意力主要集中在工厂门口，背后的仓库门没有完全关严，这是一个可以利用的突破口。
“夜一，等会儿我吸引黑田的注意力，你从仓库门绕到他身后，趁他不注意制服他。”柯南小声对夜一说。夜一点点头，悄悄从窗户爬进去，贴着墙壁向仓库门移动。
就在这时，阿笠博士和灰原拿着手稿复印件赶到了。高木涉接过复印件，走到工厂门口：“黑田，手稿我们带来了，你先放了老人！”黑田眯起眼睛，警惕地说：“把手稿放在地上，退后十米！不然我不相信你们！”
高木涉按照黑田的要求，将复印件放在地上，慢慢退后。黑田挟持着老人，一步一步挪到门口，弯腰去捡地上的复印件。就在他弯腰的瞬间，柯南突然从窗户跳进去，大喊：“黑田！你身后有警察！”
黑田下意识地回头，夜一立刻从仓库门冲出来，一记手刀劈在黑田的手腕上。“啊！”黑田惨叫一声，炸弹遥控器掉在地上。夜一趁机上前，抓住黑田的胳膊，用力一拧，将他按在地上。警察们立刻冲进来，拿出手铐将黑田铐住，同时小心翼翼地拆除了炸弹。
被挟持的老人松了一口气，瘫坐在地上，警察连忙上前安抚他。目暮警官走到黑田面前，厉声问：“黑田信长，你为什么要找阿笠栗介的手稿？你和黑衣组织到底是什么关系？”
黑田低着头，冷笑一声：“我和黑衣组织没关系，我只是想拿到阿笠栗介的‘记忆消除装置’设计图！三十年前，我帮组织倒卖发明，后来被组织抛弃，还被消除了部分记忆，我想找到装置，恢复自己的记忆，找组织报仇！”
众人都愣住了，柯南疑惑地问：“记忆消除装置？我们在阿笠栗介的手稿里没看到这个设计图啊。”黑田抬起头，眼神里满是不甘：“不可能！我明明听说阿笠栗介研制过这个装置，他一定藏起来了！”
阿笠博士叹了口气：“伯父确实研究过记忆相关的发明，但不是记忆消除装置，而是‘记忆保护装置’，用来帮助阿尔茨海默病患者保留记忆。他在日记里说，绝对不会研制伤害他人的发明，所以你找错了。”
黑田愣住了，随即瘫坐在地上，眼神空洞：“我找了三十年，竟然找错了……”警方将黑田押上警车，临走前，黑田对柯南说：“我知道一些黑衣组织的事，他们最近在寻找‘永生实验’的素材，你们一定要小心……”
柯南将这个线索记在心里，等警方离开后，众人回到阿笠博士家。阿笠博士将所有手稿和图纸整理好，放进一个特制的保险箱里：“以后这些手稿要好好保管，不能再让坏人盯上了。”
灰原拿起一张“记忆保护装置”的设计图，若有所思：“这个装置的原理，或许能帮我们修复被APTX4869破坏的神经细胞，对研制解药有很大帮助。”柯南眼睛一亮：“那我们赶紧研究吧！说不定很快就能做出永久解药了！”
接下来的几天，柯南、灰原和阿笠博士一起研究手稿，夜一则帮忙整理线索，偶尔还会和少年侦探团一起去学校上课。步美、光彦和元太听说了工厂的事，对柯南和夜一更加崇拜，经常拉着他们讲冒险经历。
周末这天，小兰做了一大锅咖喱饭，邀请阿笠博士、柯南、灰原和夜一去家里吃饭。餐桌上，小兰好奇地问：“柯南，你们上次寻宝到底找到了什么宝藏啊？一直没告诉我。”
柯南笑着说：“是阿笠博士伯父留下的发明手稿，里面有很多厉害的发明，以后说不定能帮上大家的忙呢。”小兰点点头，笑着说：“那真是太好了！不过你们以后冒险一定要注意安全，不能再像上次那样遇到危险了。”
夜一看着餐桌上温馨的场景，心里暖暖的。他知道，虽然黑衣组织的威胁还在，但只要有这些伙伴在身边，有这些温暖的日常支撑着，他们一定能坚持下去，直到彻底打败黑衣组织，让所有人都能安心地生活。
饭后，柯南和夜一坐在院子里的秋千上，看着夕阳慢慢落下。“夜一，你说我们什么时候才能打败黑衣组织啊？”柯南轻声问。夜一看着远方的天空，坚定地说：“不知道，但只要我们不放弃，团结一心，总有一天会做到的。就像阿笠栗介先生说的，心怀善意，守护所爱，这就是我们的力量。”
柯南点点头，嘴角露出了笑容。夕阳的余晖洒在两人身上，将他们的影子拉得很长。少年侦探团的冒险还在继续，而他们的心中