三个眼线全部被控制后，夜一和警方立刻对他们进行审讯。在证据面前，老张、小林和小田很快就招供了——他们都是被朗姆用家人的安全威胁，才被迫为组织做事的。他们还供出了组织在东京的几个秘密基地地址，以及和组织联系的暗号和时间。
“太好了！”目暮警官拿着审讯记录，兴奋地说，“根据他们的招供，组织在东京有三个秘密基地，分别在郊区的废弃仓库、市中心的写字楼和港口的集装箱码头。我们现在就出发，一举捣毁这些基地！”
夜一立刻和柯南、灰原联系，告诉他们眼线已被拔除，警方要去捣毁组织的秘密基地。柯南担心夜一的安全，想要一起去，却被夜一拒绝了：“柯南，你和灰原、博士留在实验室，继续研制永久解药，这里有我和警方就够了。你们一定要保护好‘R成分’，不能让组织有可乘之机。”
挂了电话，夜一跟着目暮警官，带领大批警察，分三路前往组织的秘密基地。
第一站是郊区的废弃仓库。仓库周围荒无人烟，只有几只流浪狗在游荡。警方悄悄包围了仓库，高木涉一脚踹开仓库门，里面的组织成员正在整理文件，看到警察冲进来，立刻拿起手边的武器反抗。夜一冲在最前面，手里拿着暗器，几下就打倒了几个组织成员。其他警察也不甘示弱，很快就控制住了局面。在仓库里，警方搜出了大量的毒药配方、武器和加密文件——这些都是组织用来制作毒药和策划犯罪的证据。
第二站是市中心的写字楼。组织的秘密基地藏在写字楼的第十八层，表面上是一家“科技公司”，实际上是组织的情报中心。警方乔装成快递员，进入写字楼，趁组织成员不注意，冲进“科技公司”。里面的组织成员正在用电脑传输情报，看到警察进来，立刻想删除文件，却被夜一及时拔掉了电源。警方在电脑里搜出了大量的监控数据——包括米花市各个角落的监控画面，还有柯南、灰原等人的行踪记录。
第三站是港口的集装箱码头。这里的秘密基地藏在一个巨大的集装箱里，里面存放着大量的炸药和通讯设备。组织成员发现警方后，试图点燃炸药同归于尽，却被夜一用麻醉针射中手腕，炸药掉在了地上。警方很快就控制住了所有组织成员，在集装箱里搜出了一艘准备用来运输毒药的轮船——这艘轮船的目的地是国外，显然组织想把毒药卖到其他国家，危害更多人的生命。
经过一整天的行动，警方成功捣毁了黑衣组织在东京的三个秘密基地，抓获了五十多名组织成员，缴获了大量的武器、毒药和情报文件。消息传到黑衣组织的秘密基地，朗姆气得把桌子上的杯子摔在地上，碎片溅了一地。
“废物！一群废物！”朗姆怒吼着，“三个秘密基地，五十多个人，竟然一天之内就被警方捣毁了！我的情报网，我的眼线，全没了！”
贝尔摩德站在一旁，不敢说话。她知道，这次失败对组织来说是致命的——东京的情报网彻底崩塌，短时间内根本无法重建。而且警方肯定会根据缴获的文件，继续追查组织的其他据点，到时候组织的处境会更加危险。
“朗姆先生，”贝尔摩德小心翼翼地说，“我们现在该怎么办？要不要暂时撤离东京，去其他城市躲避风头？”
朗姆坐在椅子上，脸色铁青。他沉默了很久，才缓缓开口：“撤离？现在撤离已经晚了！警方肯定已经布下了天罗地网，我们一离开基地，就会被发现。现在只能暂时蛰伏，等待时机。”他顿了顿，眼神变得更加凶狠，“还有，查！给我仔细查！到底是谁泄露了秘密基地的地址？是谁拔除了我的眼线？我一定要让他付出代价！”
而在阿笠博士家的实验室里，柯南、灰原和阿笠博士正通过电视新闻，看着警方捣毁组织秘密基地的画面。“太好了！夜一他们成功了！”柯南兴奋地跳了起来，“组织在东京的情报网被彻底摧毁，我们以后研制永久解药就更安全了！”
灰原也露出了久违的笑容：“没想到夜一这么厉害，不仅拔除了眼线，还帮警方捣毁了组织的秘密基地。这下朗姆肯定气坏了，短时间内不会再对我们动手了。”
阿笠博士笑着说：“是啊，夜一这孩子，总是这么可靠。等他回来，我一定要做他最喜欢的草莓蛋糕，好好犒劳他。”
傍晚时分，夜一终于回来了。他身上沾了一些灰尘，脸上却带着笑容。“怎么样？都解决了吗？”柯南迫不及待地问。夜一点点头，坐在沙发上，喝了一口水：“三个秘密基地全被捣毁了，五十多个组织成员被抓，还缴获了很多证据。朗姆在东京的情报网彻底完了，短时间内他不敢再轻举妄动。”
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“太好了！”灰原走过来，递给夜一一块柠檬派，“这是博士特意给你做的，快尝尝。”夜一接过柠檬派，咬了一口，笑着说：“谢谢博士，味道还是这么