柯南看着监控屏幕上的画面，突然注意到死者手里的U盘——虽然损坏了，但上面有一个小小的划痕，和直美工程师的U盘很像。他突然灵光一闪：“我知道凶手是谁了！凶手就是宾加的那个手下！他进入机房，是为了抢走死者手里的U盘——这个U盘里，应该有浮标监控系统的备用数据，宾加想拿到数据，用来和组织交换报仇的机会。”
黑田兵卫皱着眉头：“可是监控显示，他没有带任何东西离开，而且死者手里还握着U盘，这怎么解释？”柯南笑着说：“因为他用了调包计。他事先准备了一个和死者U盘一模一样的损坏U盘，进入机房后，用勒死死者，然后把真的U盘换走，再把损坏的U盘放在死者手里，假装没有拿走任何东西。而且机房的窗户打开着，地上有海水，说明他是从海边坐船来的，杀了人后，再坐船离开，和宾加会合。”
为了验证自己的推理，柯南让警察检查死者手里的U盘——果然，里面没有任何数据，是一个空的损坏U盘。警察还在海边的礁石缝里，找到了一个完整的U盘，里面储存着浮标监控系统的备用数据，U盘上还有宾加手下的指纹。
“太好了！”黑田兵卫高兴地说，“有了这个证据，就能定宾加和他手下的罪了。柯南，你真是太厉害了！”柯南挠了挠头，笑着说：“没什么，只是观察得仔细一点而已。”
傍晚的时候，海上保安厅传来消息，宾加的手下全部被抓获，贝尔摩德和波本乘坐的直升机也被警方拦截，直美工程师被成功救回，U盘也拿了回来。黑田兵卫带着警察，把宾加和他的手下押上了警车，准备带回警视厅审讯。
柯南、夜一、灰原、小兰和园子坐在返回米花市的渡轮上，夕阳把大海染成了金色。园子靠在船舷上，感慨地说：“没想到这次浮标岛之行，竟然遇到了这么多事，还好有柯南和夜一在，不然我们就危险了。”
小兰笑着说：“是啊，柯南和夜一总是这么厉害，每次都能解决困难。不过下次我们旅行，能不能不要再遇到案子了？我只想好好放松一下。”柯南和夜一都笑了起来，灰原则看着远处的夕阳，轻声说：“只要黑衣组织还在，我们就很难有真正平静的旅行。不过没关系，我们会一起努力，总有一天，能彻底摆脱他们的阴影。”
渡轮在大海上行驶，朝着米花市的方向驶去。柯南靠在船舷上，手里紧紧攥着手机——手机里存着太平洋浮标监控系统的备用数据，还有宾加的审讯记录。他知道，这次浮标岛的事件，只是和黑衣组织斗争的一部分，下周的米花大学之行，将会是一场更严峻的考验。
夜一走到柯南身边，拍了拍他的肩膀：“哥，别担心。我们已经做好了准备，下周一定能顺利提取‘R成分’，研制出永久解药。”柯南点点头，脸上露出了坚定的笑容：“嗯，我们一定会成功的。我还要变回新一，和小兰一起，去看伊豆的五重塔，去浮标岛赏鲸，过平静的生活。”
灰原看着他们，嘴角也露出了一丝微笑。她知道，虽然前路充满了危险，但只要和柯南、夜一在一起，就没有克服不了的困难。她期待着，那一天能早日到来——她能摆脱“雪莉”的身份，以灰原哀的名字，和朋友们一起，过上平静、幸福的生活。
与此同时，在黑衣组织的秘密基地里，贝尔摩德把抢来的U盘摔在桌子上，对着伏特加冷嘲热讽：“你看看你，连一个小女孩都抓不住，还连累宾加被警察抓住，朗姆要是知道了，肯定不会放过你。”伏特加低着头，不敢说话——他知道，这次失败，自己肯定要受到惩罚。
贝尔摩德拿起手机，拨通了朗姆的电话：“朗姆先生，宾加被抓了，浮标的U盘也被警方拿回去了。不过我们已经知道了太平洋浮标的监控技术，下次一定能拿到我们想要的东西。”电话那头传来朗姆低沉的声音：“下次再失败，你们就不用回来了。尽快找到‘R成分’的下落，不能让工藤新一和雪莉得逞。”
贝尔摩德挂了电话，眼神变得冰冷：“工藤新一，雪莉，我们很快就会再见面的。”她看着窗外的黑暗，嘴角勾起一丝冷笑——一场更大的风暴，正在悄悄酝酿。
渡轮驶进米花港时，夜色已经笼罩了城市。码头边的路灯亮起暖黄的光，目暮警官带着几名警察早已等候在那里，身边还停着两辆警车。看到柯南等人走下渡轮，目暮警官立刻迎了上去：“柯南，夜一，灰原，你们没事吧？宾加已经被押回警视厅了，我们连夜对他进行审讯，希望能从他嘴里问出更多黑衣组织的线索。”
柯南点点头，从口袋里掏出手机，调出拍摄的直升机编号和浮标机房的现场照片：“目暮警官，这是贝尔摩德他们乘坐的直升机编号，还有浮标机房的现场证据，或许能帮你们找到组织的藏身之处。”目暮警官接过手机，让高木涉把资料拷贝下来，“辛苦你们了，这次多亏了你