车驾至洛阳，宫室残毁，献帝暂设朝于墟殿，拜帝为司空，委以军政万机。帝以洛邑荒颓，难御外患，奏请移驾豫州许县——时已更名翊京。帝言其城坚粮足，可安社稷，天子从之。
既至翊京，定都为都，帝总揽朝纲，腹心布列枢要。征孔融、甘宁等入朝，又破格擢蔡琰为谏议大夫，开女子参政之先。时吕布败于曹操，偕张邈、张辽、高顺来归，帝皆纳而抚之。
帝复出水泥仙方，命广筑城垣、驰道、河渠，待匠人甚厚。张邈举其弟超，帝察其能，授将作监。翊京经缮，焕然巍峨，识者叹为神工。
后又引西域良马，使张辽督训精骑，号九霄雷骑。此军后驰骋天下，锋镝所向，莫不披靡。
帝推仙麦之种，其面甘美，初风行于贵胄，渐传民间。由是江淮之稻，中原之麦，各擅其盛，南北食俗遂异。
兴平二年，郭汜伏诛，关中淆乱。帝亲征，郭嘉参帷幄，吕布、张辽、高顺分统诸军，留刘备、关羽、张飞镇后。河南尹、河内郡望风归附，太守张扬请降。宴间，有将立戟于辕门，吕布射中之，众喝彩。帝莞尔，取金簪掷之，径穿戟上铜钱方孔。举座骇然，以为神授。
帝旋定河东、京兆、左冯翊、右扶风，克长安，关中底定。
复陈兵凉州界，帝亲擂鼓励士，声震山河。马腾、韩遂慑其威，率众归降。帝携腾子超还京，授以郎官。超夜梦天狼降庭，谓曰：“九天玄女主世，汝当辅之。”觉而告帝，涕泣誓曰：“愿效犬马，生死随驾！”帝抚而纳之。
凉州既平，帝颁新政以安边陲。凯旋还朝，天子嘉其殊勋，拜丞相，改元建安。
建安元年，洛阳虞氏之后清澜谒帝，帝授以蒸馏秘法，助立清如许酒坊，其酒清冽甘醇，名动四方。帝复劝课农桑，倡养鸡豚，由是六畜蕃息，民食渐丰。
时有国舅董承，伪作衣带诏，阴结党羽，图谋不轨。密求刘备为助，备佯许之，旋密告于帝。帝乃佯作不知，待其党羽尽露，一网铲除，朝堂为之一肃。董贵人琳虽坐父罪，帝悯其年幼无知，赦死罪，令于慈云寺带发修行，以全性命。
夏，汉中五斗米教萌动，帝决议讨之。以张辽、马超为将，刘备副帅，贾诩参军事。备率部出褒斜道，逢暴雨，遭敌伏击，坠险谷，帝亲援之。时神医华佗适至，帝与之共施神术，备得脱死生。
帝遂亲征，骑白虎而至，威仪慑众，五斗米教徒望之如见神临，皆弃兵跪伏。贾诩屡献奇策，敌不能当。张鲁为保百姓，自缚请降。帝纳其诚，收汉中地，乃命鲁、备共治其地，绥抚新附。二人感帝恩威，誓效忠诚。
帝纳钟繇、荀攸之荐，擢满宠入仕。乃创立绣衣台，以贾诩领绣衣令，甘宁为夜行司丞，阿卓掌听风司，满宠司明镜司，同为帝之耳目股肱。
冬，帝为天子协择选伴读，司马懿、王粲、刘修、刘廙、应玚、刘桢等皆预其列。刘修性狂，戏推王粲坠冰湖，帝遽救之，粲得生还。帝怒，逐修出宫，并责其父刘表。表惶恐，遂遣长子刘琦代之为质。后刘琦复现女子本貌，帝奇其才，使从陈珪习政，渐加重用。
帝时亲授天子及伴读数理诸学，潜移默化，收服司马懿。阴命懿伪投曹营，操不疑而纳之。懿遂为间，密传曹军情报，帝皆洞悉先机。
建安二年，帝大兴医学，广授医道。华佗、董奉及女医陶燕秋等皆受其擢，燕秋专授女子医术，使知自保，帝赐官爵，恩宠有加。
同年夏，黄河泛滥，曹操受灾，求援于袁绍，遂结盟好。帝闻之，乃与公孙瓒盟，以为制衡。瓒部将赵云来投，帝嘉其忠勇，委以重任。
初，水患稍遏，然河骤改道，溃堤淹徐。陈登竭虑救灾，劳顿不惜，二人素有情谊，帝深为爱怜，亲往抚慰。乃倡举国捐输，上下响应，遂度艰厄，徐土得安。
建安二年秋，曹军犯境，以夏侯惇为先锋，攻帝辖地。张辽、张飞据城固守，辽与惇战于阵前，惇为流矢中目，曹军遂退。
操复遣夏侯渊袭豫州，帝预察其谋，伏兵于河畔。待渊军半渡，以神火焚之，敌阵大乱，渊被擒。帝厚待俘虏，渊感其仁，乃降。操闻之，军心涣散，乃引兵还。
袁绍自将大军来伐，遣颜良、文丑为先锋。帝命吕布、关羽拒之，贾诩献策，袁军疲于奔命，文丑重伤。帝遣医女为之疗伤，良、丑皆感其德。会公孙瓒袭袁绍后路，绍军乃退。
帝遂反攻兖州，一路势如破竹，严令六禁，不犯民稼，百姓箪食壶浆以迎。操连战皆北，困守濮阳。忽天降陨石，曹军惊溃，士卒非俘即亡。操独遁，为黑山军张燕所执，献于帝。操遂降，流交州。帝命曹昂继家主，携丕、植归京教养。兖州遂平，中原底定。
建安三年夏，帝因功晋封国公。
礼前，侍者启衣箱，忽见祥云自内升腾，紫气东来，映照宫阙。百姓观者皆拜于道，称颂天命。及帝乘金根车出，道旁草木回青，百花竞放，异香盈衢。
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郊坛