郑毅龙见戚承光到来，大喜，邀其共商水陆协同之策。二人议定，增设水陆协同训练科目：水师战船负责火力掩护，压制岸上与舰上“倭贼”；陆战士卒登舰清剿，巩固战果；乡勇则在岸边列阵，模拟支援登舰作战、救治伤员、转运物资等场景，形成“水师主攻、陆战辅助、乡勇支援”的全方位作战体系。演练时，各路人马协同配合，井然有序，火力掩护到位，登舰清剿迅速，后勤支援及时，整体战力显着提升。毅龙与承光相视一笑，皆觉此战术可在实战中发挥奇效。
舰队训练正酣，后勤保障亦不敢稍有松懈。户部尚书谢明，奉帝命亲赴宁波，督导军饷粮草调配，与浙江布政使秦仲、户部右侍郎方泽，共商后勤保障事宜。明谓二人曰：“‘兵马未动，粮草先行’，东海舰队三万余将士，每日粮草消耗巨大，军饷亦需按时足额发放。后勤无缺，则军心稳定，将士方能安心操练，奋勇作战；若后勤不济，必动摇军心，影响战事。尔等需尽心筹备，确保粮草充足，军饷及时，万不可有任何差池。”
秦仲当即禀报：“某已在宁波、泉州二地设立粮草储备库，储备大米、小麦五十万石，饮用水十万桶，足够舰队将士三月之用；同时筹备药材千余斤、寒衣三万套，及炊具、薪柴等生活用品若干，可保障将士们日常所需。码头之上，亦搭建了临时医馆，征召郎中数十人，随时为伤病将士诊治。”方泽补充道：“漕运线路已全面疏通，沿途驿站、码头皆安排专人值守，后续粮草可源源不断运往宁波，绝不会出现短缺之虞。”
户部左侍郎王砚，专司军饷核算与发放。砚为人严谨，恪尽职守，严格按照朝廷规制，逐一核算每一位将士的军饷，登记造册，做到账物相符、人人有份。发放当日，砚亲至营地，监督发放过程，亲自将军饷交到将士手中，杜绝克扣、拖欠、冒领等事。砚对将士们曰：“尔等远离家乡，戍守海疆，浴血奋战，守护黎民百姓。军饷乃朝廷对尔等的体恤，亦是尔等养家糊口之资，某必尽心尽责，确保每一分军饷都能足额、及时发放到尔等手中，绝不允许任何人从中作梗。”将士们闻言，无不感激，军心愈发稳定。
郑毅龙亦十分重视后勤保障，时常至粮草储备库、医馆、营地查看，询问将士们饮食、住宿情况，对有困难的将士，及时予以解决。见粮草充足、物资完备、军饷及时，毅龙对谢明、秦仲等人曰：“诸公悉心筹备，后勤无忧，某与水师将士，可专心操练，全力备战。待荡平倭贼，某必向陛下举荐诸公之功。”同时，毅龙令麾下将佐，严格管控粮草、物资，杜绝浪费、贪墨之事，确保每一份物资都能用在刀刃上。
充足的粮饷、完备的物资、细致的保障，让舰队将士们无后顾之忧，能够全身心投入到训练之中。将士们士气高昂，斗志昂扬，训练愈发刻苦，彼此之间团结友爱，互帮互助，形成了强大的凝聚力。郑毅龙见此情景，知军心已固，心中对决战倭贼更有把握。
军队之强，不仅在于战力，更在于军纪。舰队集结与训练期间，都察院左都御史虞谦，恐军中出现贪墨、懈怠、欺压百姓等事，特遣佥都御史柳清臣，前往宁波督查军纪，肃清不良风气。清臣为人刚正不阿，执法严明，奉令之后，即刻启程赴宁，深入舰队营地、码头、粮草储备库，走访将士与当地百姓，核查粮草、军械发放情况，严查各类违纪违规行为。
清臣在督查中发现，有两名水师小校，利欲熏心，私自克扣麾下士卒粮草，将其变卖，中饱私囊，导致部分士卒口粮不足，面露饥色。清臣大怒，当即下令将二人拿下，押至郑毅龙帅府，如实禀报核查结果，并请毅龙按军法处置。毅龙闻之，勃然大怒，拍案而起：“我军将士浴血奋战，为国捐躯，尔等竟敢克扣粮草，中饱私囊，动摇军心，此等败类，留之何用！”
遂下令将二人押至营地广场，召集全体将士，当众宣布其罪状。毅龙立于高台之上，神色威严，厉声训道：“‘令严方可以肃兵威，命重始足以整纲纪’，军纪乃军队之根本，无严明军纪，则无精锐之师。尔等皆为国家将士，当以忠义为本，以军纪为纲，奋勇杀敌，报效国家。今此二人，竟敢无视军纪，克扣粮草，中饱私囊，此乃对国家不忠，对将士不义！本帅今日将其斩首示众，以儆效尤！”言毕，下令行刑。两颗头颅落地，将士们皆凛然敬畏，无人敢有异动。毅龙又曰：“凡敢触犯军纪、损害军威、背叛国家者，无论官职大小，一律严惩不贷！希望诸位将士引以为戒，严守军纪，同心同德，共破倭贼！”将士们齐声应诺，声震四方。
柳清臣见状，甚为赞许，遂协助郑毅龙，结合水师作战特点，制定了严格的舰队军纪，明确将士们的言行规范、作战职责、奖惩机制：凡奋勇作战、战功卓着者，予以嘉奖、晋升