苏晚卿对秦仲道：“‘民为邦本，本固邦宁’。唯使百姓安居乐业、无后顾之忧，海疆方能真定，抗倭大业方能根基永固。我等既需荡平倭患，亦需安抚民心、恢复民生。”秦仲深以为然，全力推行其策。大军清剿、地方协同、监察督导之下，浙闽海防愈固，倭贼无藏身之所、无补给之源，清剿战事神速。至仲春中旬，温州境内倭贼残部尽清，斩一百余人、俘四十余人，毁堡垒五座。全面排查后，浙闽沿海仅福建泉州外海金门岛，尚有少量倭贼藏匿，为最后待清据点。
仲春下旬，微风和煦，日光朗照，海面风平浪静，实为用兵之佳时。戚承光率两千边军、一千乡勇，乘二十艘水师战船，赴泉州外海金门岛——此为倭贼在浙闽沿海最后藏匿地，约百余名倭贼，由一倭首统领，负隅顽抗，欲凭海岛地形迁延，待海外倭贼支援。海正刚率水师先抵金门岛外海，速封海面隘口，形成合围，断倭贼逃路与支援；戚承光率部备登岛，发起最后清剿之战。
金门岛倭首知已穷途末路，却仍不死心，率部筑简易工事，积少量粮草弹药，决与大军死战。戚承光率部登岛，倭贼即发起猛攻，挥武士刀狂砍，箭矢、火铳齐发。戚承光身先士卒，持长枪与倭首交锋，枪尖凌厉、招招致命；倭首挥刀抵挡，二人激战数十回合，倭首渐体力不支，动作迟缓。戚承光抓其破绽，一枪刺穿倭首肩甲，将其生擒。
余倭见首被擒，斗志尽丧，或弃械投降，或顽抗被斩，无一人逃脱。克金门岛后，戚承光令将士全面清岛，逐片搜索、逐个排查，防倭贼潜藏。士卒深入山林、洞穴细查，终擒三名藏倭，尽除金门岛倭患。林文博复甄俘获四十余名倭贼，仅十余名为顽寇，余者皆为被胁海外流民。戚承光令斩顽寇示众，流民发粮草盘缠，遣返原籍，金门岛清剿之战毕。
金门岛大捷之讯传至泉州，泉州知府与秦仲率百姓，出城十里迎大军凯旋。百姓持锦旗、焚香跪拜，高呼“将军威武、陛下圣明”，声浪不绝。戚承光下马，扶跪拜百姓，语诚恳：“清剿倭患，乃将士本分，不敢当百姓大礼。海疆安宁，非某一人之功，实乃朝廷运筹、大军奋战、百姓相助之果。唯军民同心，方能永固海疆。”百姓感其诚，纷纷献粮果至军营，慰劳将士。
当日傍晚，戚承光亲撰捷报，详列战果：浙闽沿海倭贼残部尽清，斩倭八百余人，俘三百余人，毁倭堡二十七处、战船三十余艘，缴粮草数万石、军械数千件，沿海百姓复生产，海疆秩序归安，为后续东海决战除后顾之忧。捷报由八百里加急送京师，分奏蒙傲、秦昭，静候朝廷谕示。
浙闽沿海残倭尽清，戚承光率部守宁波府，未敢松懈，即刻整饬沿海防务，固清剿之果。他令将士加固已建防御堡垒，修缮烽火台，补堡垒内粮草军械，保防御完备；同时调水师、边军部署，加强沿海巡逻——海正刚率水师沿浙闽沿海昼夜巡弋，钱海生领游击船队，专缉零星海盗、漏网倭贼，防倭患复燃；复组边军、乡勇联训，提协同作战之力，为后续东海决战备兵。
秦仲得戚承光捷报，即入宫奏萧燊，同时奏请设“海防总署”，统筹浙闽沿海防务与抗倭事宜。秦仲道：“浙闽残倭已清，然东海仍有倭贼主力盘踞，恐卷土重来。设海防总署，可统调沿海水师、边军、乡勇，筹海防建设、情报收集，便应对东海决战，永固海疆。”萧燊准奏，下旨设浙闽海防总署，令戚承光兼总署统领，郑毅龙、海正刚为副，全权统筹沿海防务、抗倭事宜。
复下旨嘉奖参战将士：“戚承光、郑毅龙等将，率部清浙闽残倭，护海疆、安百姓，功不可没。特赐黄金千两、绸缎百匹，参战边军将士各升一级，乡勇有功者皆有封赏，赏银由户部即拨。”工部尚书冯衍续推军工制造，全力备东海决战：组数百工匠，融海外造船、火器之术，改良水师战船，优船身结构、提航速与防御；加神威火炮、火铳生产，改良弹药配方，提火器威力。
徐策亲守泉州造船厂，督新型战船建造，立军令状，期三月内造十艘新型战船，强水师战力。冯衍复令工匠造攻城、防御器械，络绎运往前线，为东海决战供军工支撑。中书令孟承绪与中书省左侍郎秦书言，借浙闽清剿经验，草《海防条例》，规沿海防务。条例明沿海各卫所、水师、地方官府职责，细水师巡逻、烽火传讯、百姓联防之制，将海防举措固化为常制。
纪云舟核条例时，补建言：“东海决战在即，海外倭贼动向至要。需增‘海外情报收集’条款，令玄夜卫协水师，于海外设情报站，集倭贼主力动向、兵力部署、补给之情，未雨绸缪，掌作战主动。”孟承绪、秦书言纳其议，完善条例后奏萧燊，待批推行全国。
仲春末，浙闽沿海一派祥和：百姓安