经一日清剿，共斩倭两百余人、俘八十余人，仅少数倭贼趁乱逃台州府境，无固定据点，只能流窜。戚承光集诸将议事，闻逃窜倭贼人数少、战力弱，沉声道：“‘斩草要除根，防微杜渐’，绝不可予此辈喘息之机。钱海生，你率水师游击船队，沿台州沿海昼夜巡逻，密控海面与沿海村落；同时令台州百姓密切留意，举发倭踪，必尽擒此股残倭，斩草除根。”
连日清剿，浙闽沿海倭贼残部节节败退，大军共俘倭贼两百余人。此辈成分繁杂，既有顽抗好战之倭首、老兵，亦有被胁参与劫掠之平民、海外流民。戚承光知俘虏处置关乎民心向背、地方安定，即令福建按察使司佥事林文博与宁波知州郑明远协理，于宁波府外设甄别点，对降倭逐一核查、分类处置。
林文博持核查名册，对戚承光拱手道：“‘法者，治之端也；罚者，惩之具也’。俘虏处置须慎之又慎，必严辨顽寇与胁从，不可一概而论。对罪大恶极者严惩，以儆效尤；对胁从者宽宥安抚，方显朝廷威德，固沿海民心。”戚承光深以为然，即分工：林文博牵头甄别，联百姓指认、俘倭供词，核每人事迹；郑明远联胁从者原籍官府，备粮草安置之物，待甄别毕遣返。
甄别工作有序展开，林文博亲坐甄别点，逐一提审俘虏，结合百姓指认、俘倭供词及玄夜卫核查情报，细辨每人身份罪行。经三日核查，筛出顽寇五十余人，此辈多为倭首、老兵，常年劫掠，屠村焚屋，罪行累累，民愤极大；余一百五十余人，多为被胁沿海平民、海外流民——平民遭倭掳走，不从即杀，被迫参与劫掠；流民被倭裹挟，无依无靠，被迫效力，且无大罪。
戚承光决于宁波府广场行处置大会，集沿海百姓、全军将士参会，既显律法威严，亦安民心。大会当日，广场人山人海，百姓扶老携幼而至，眼中满是对倭贼之恨、对处置之盼。戚承光立高台，高声宣处置结果：“今俘倭贼两百余人，经逐一甄别，五十余名顽寇罪行累累、民愤滔天，依大吴律法，当众处斩，以慰死难百姓在天之灵！”随即，五十余名顽寇被押至广场中央，斩首示众，百姓拍手称快，积年怨气得以宣泄。
戚承光复宣：“其余一百五十余名胁从者，若真心悔改，朝廷不问旧罪，即刻发粮草盘缠，遣返原籍，助其重建家园；若再通倭为恶，必斩不饶！”被遣返者纷纷跪地谢恩，泣誓此生不与倭为伍，尽忠朝廷。刑部尚书郑衡得悉处置结果，速奏萧燊。萧燊阅后龙颜大悦，下旨嘉奖：“戚承光甄别得当，仁威并施，既除顽寇以正律法，又安民心以固海疆，甚合朕意。令刑部下文，传谕各地抗倭大军，皆依此例处置降倭，禁滥杀无辜、草菅人命，亦禁姑息养奸、纵虎为患，务使律法与仁政兼顾。”
旨意传至浙闽，戚承光更坚“仁威并施”之策。沿海百姓见朝廷处置公正，对朝廷愈发信服，纷纷协大军清倭、运资，军民同心之局愈固。俘虏处置毕，戚承光即令将士助百姓重建家园：为被焚房屋调木材砖瓦助修缮，为荒废田地组士卒百姓共开垦；秦仲调拨之粮草、新粮种抵后，郑明远与杨文举亲率官吏分送各村，杨文举还现场授百姓耕作之法，助其速复生产。军民同心之下，浙闽沿海被毁村落渐复生机，炊烟袅袅、田垄成行，百姓重露笑颜。
孟春下旬，浙闽沿海偶有阴雨，天气变幻无定。水师游击钱海生率五艘游击战船，沿台州沿海昼夜巡逻，探查倭踪。此日午后，海面骤降小雨，雾气渐浓，钱海生率船队巡至台州外海蛇山岛附近，斥候忽报岛湾停泊十余艘倭船，岛上隐约有倭贼活动，人数约三百余，正搬运粮草军械，疑备新一轮劫掠。
钱海生即令船队隐蔽，遣人密控倭贼动向，同时派斥候快马报戚承光，请兵支援；自率船队封锁蛇山岛周边海域，防倭贼察觉逃窜。戚承光得报，知蛇山岛倭贼若筹备就绪，必重创台州沿海百姓，即决奔袭蛇山岛。他速调两千边军、一千乡勇，乘海正刚率之十五艘水师战船，星夜赴蛇山岛。
途中，海面突遇狂风暴雨，风浪大作，战船颠簸剧烈，不少乡勇晕船呕吐，士气稍挫。戚承光亲巡各船，安抚将士，高声道：“将士们，‘艰难困苦，玉汝于成’。蛇山岛乃倭贼在浙闽最后重要据点，克此岛则残倭尽清，百姓得安。尔等再坚持片刻，功成之日，朝廷必有重赏，某与诸位同生共死，共破倭贼！”激励之下，将士们重振精神，克服晕船之苦，整备军械，以待战事。
次日清晨，雨歇风平，戚承光船队抵蛇山岛外海，与钱海生游击船队汇合。戚承光即令海正刚率水师正面轰倭船，徐策改良之神威火炮威力无穷，十余门炮齐发，“轰”声震耳，炮弹精准击岛湾倭船，瞬间击沉三艘，余倭船慌忙避于岛湾深处，不敢露头。戚承光见倭船被制，令将士乘小艇分批登岛进攻。倭贼早已于岛口设严防，架火铳、弓箭，小艇近岸时，即疯狂射击，登岛大军受阻。
戚承光立旗舰船头，察岛上地形后速调战术：“倭贼聚兵守岛