与北线主动出击相应，南线边军亦迎来实战检验。玄夜卫情报：倭寇集结战船十艘，携劫掠物资，拟自泉州港登岸，袭扰沿海村落。郑毅龙得报，即刻依“海陆联防”方略部署：令钱海生率巡防船队于泉州外海巡查，追踪倭寇战船动向；令海正刚、张彪率水师主力于泉州港内设伏，待敌入瓮；令郑明远统筹乡勇，于岸边布防，杜绝倭寇登岸逃窜。
钱海生巡防船队旋即侦得倭寇战船踪迹，即刻以信号传报。郑毅龙令水师主力严阵以待，复令乡勇于岸边构筑防御工事，配备弓箭、火器。倭寇战船抵泉州港外，见港口防守薄弱，贸然驶入港内，殊不知已入埋伏。海正刚、张彪见倭寇入瓮，即刻令水师战船出击，封锁港口出口。
水师战船凭改良火器之优，向倭寇战船发起猛攻。郑毅龙坐镇旗舰，手持令旗，从容调度：“左翼战船侧移，封锁东侧出口；右翼战船推进，协中路夹击！”海正刚亲率旗舰冲锋，船首红衣大炮轰鸣，炮弹精准击中一艘倭寇主船，木屑飞溅，倭寇惨叫不绝。正刚立于船头，目眦欲裂，高声下令：“登船作战！”水师士卒随即放下跳板，持长刀、火铳奋勇跳上倭寇战船。张彪率部从侧翼包抄，令战船发射火箭，点燃倭寇战船帆布，火势蔓延，浓烟蔽日。乡勇于岸边协同出击，以改良连弩、火铳攻击近岸倭寇战船，箭矢、弹丸如雨，压制倭寇反扑。倭寇战船被围，首尾不能相顾，三艘旋即被击沉，余船亦多处受损，甲板尸骸累累。倭寇首领见大势已去，率残部欲从西侧突围，却被钱海生巡防船队拦截。海生亲自掌舵，战船横亘出口，大喝：“倭寇休走！速速投降！”首领负隅顽抗，举刀砍向海生，海生侧身避过，反手一刀斩之。残倭失主，彻底溃散，纷纷弃械乞降。
激战半日，南线边军歼倭两千余人，击沉战船五艘，俘获三艘，缴获劫掠物资、兵器无数，倭寇袭扰之谋彻底破产。郑毅龙立于旗舰甲板，遥望海面倭寇战船残骸，神色沉稳，未敢懈怠，即刻令清理战场、救治伤员、清点战果。随后具疏奏报，详述作战之程，尤赞海正刚、张彪、钱海生协同之功。萧燊阅疏大喜，下旨嘉奖：“浙闽沿海总兵郑毅龙，统筹全局，指挥若定，率部歼倭，保全沿海百姓，特晋升从一品骠骑大将军，赏白银两千两、锦缎二十匹；水师参将海正刚，勇悍作战，协同得力，晋升水师副总兵；水师参将张彪、副总兵钱海生，各晋升一级，赏白银五百两；参战将士各赏白银十五两。望尔等坚守海疆，再接再厉，肃清倭寇余孽。钦此！”嘉奖之旨传至沿海军营，将士欢呼雀跃，抗倭信心益坚。毅龙接旨后，集诸将训话：“此次胜利，乃全军协同之功，非一人之能。陛下嘉奖，是勉励亦是重任。后续抗倭之路尚远，尔等当恪守军纪，同心协同，不负陛下信任与百姓期盼！”海正刚上前抱拳曰：“总兵所言极是！末将此前多有鲁莽，幸得总兵包容指导，今后必全力配合，共御倭寇！”
战后，郑毅龙总结经验，进一步优化联防之制：于浙闽沿海增设了望塔十座，与水师巡防船队构建更密预警网络；强化乡勇与水师联合训练，提升协同熟练度；令秦仲保障粮草、火器供应，筑牢前线根基。秦仲亦积极响应，组织地方官府加快沿海防御工事建设，为后续抗倭备妥保障。
南北边军连获战功，实赖中枢强力军需保障。户部尚书谢明始终以边军军需为要务，边军调整之初，便令方泽统筹漕运，优先转运江南粮草至南北前线；令王砚梳理盐铁税银，保障军饷足额发放。针对北线骑兵作战之需，谢明协调滕万里，自全国马场调运优质军马三千匹支援；针对南线水师之需，协调冯衍加急生产改良火器、战船配件，输送沿海前线。
工部尚书冯衍亦全力保障军备供应，令徐策团队昼夜不息改良火器、战船。徐策借鉴海外技术，优化鸟铳射程与射速，批量生产后优先供应边军；针对南线战船之弊，加以改良提升航速与火力，同时加快新战船建造。此外，衍令秦仲和加固北方边镇堡寨城墙，令叶修远督导西北屯田，增强边军粮草自给之能。
兵部尚书秦昭统筹兵力调配与军备调度，令裴衍建立“军需动态台账”，实时追踪南北边军粮草、兵器、军饷需求，确保供应精准高效。昭复协调国子监祭酒孔学礼，选派实学馆技术人才赴边军，协助将士掌握改良火器使用与维护之法，提升军备效用。
都察院左都御史虞谦遣专员全程督查军需转运发放，查处地方官截留边军粮草一案，确保军需足额及时送达前线。