薛瑄将供词一一记录，让魏进忠签字画押。魏进忠接过笔，手却不停发抖，看着纸上自己的名字，突然哭了起来：“我本是河间府的穷小子，入宫就是想混口饭吃，怎么就走到这一步了……”王竑冷声道：“是权欲迷了心窍，是你自己选的绝路。”
审案正酣时，太子萧燊带着一队东宫侍卫来到诏狱，手中捧着一个玉匣。“三位大人，儿臣有证据要呈给陛下。”萧燊将玉匣打开，里面是一卷名录，“这是魏进忠安插在东宫的眼线名单，还有他与秦云的密信，是儿臣以‘嗜玉’为名，从魏进忠送的玉匣夹层里取出来的。”
薛瑄接过名录与密信，只见密信上写着“若事败，以东宫为质，逼萧桓退位”，字迹正是魏进忠的。他连忙将证据收好，对萧燊躬身道：“太子殿下心思缜密，此乃关键证据。”萧燊摇了摇头：“这都是父皇教我的，隐忍待时，方能一击必中。”
萧燊走到囚室前，看着狼狈不堪的魏进忠：“魏公公，你以为送我玉匣，就能拉拢我吗？你在东宫安插的眼线，每天都在向你汇报我的行踪，可你不知道，他们说的每一句话，我都告诉父皇了。”魏进忠看着眼前的少年太子，眼中满是难以置信——他一直以为萧燊是个贪图享乐的纨绔，没想到竟是萧桓的得力助手。
“还有一件事，”萧燊语气冰冷，“你派去云南刺杀陈御史的刺客，已经被陈御史擒获，供出是你指使的。陈御史很快就会带着魏党私盐案的证据回京，你的罪证，只会越来越多。”魏进忠瘫坐在地，彻底无话可说，他知道，自己再也没有翻身的可能了。
萧燊离开诏狱后，直接去了养心殿。萧桓正在批阅奏折，见儿子进来，放下朱笔：“事情办得如何？”萧燊将诏狱的情况一一禀报，最后道：“父皇，魏进忠已全部招供，儿臣以为，当尽快昭告天下，为谢公等人平反。”萧桓点了点头：“明日早朝，便下昭雪诏。”
次日早朝，萧桓身着衮龙袍，端坐龙椅上，手中捧着《昭雪诏》，声音传遍太和殿：“奉天承运皇帝，诏曰：太保谢渊，守边有功，忠勇可嘉，遭魏党构陷，含冤而死，朕心甚痛。今追赠谢渊为太傅、兵部尚书，谥‘忠肃’，归葬京师忠烈祠；其流放妻儿尽数召回，赐宅供养，子孙世袭锦衣卫百户。”
“户部尚书刘焕，刚正不阿，拒扣军饷，遭贬流放，幼子冻毙，朕深感愧疚。追赠刘焕为太子太保，其子追赠国子监生，妻儿召回，赐银千两；刑部尚书周铁，死谏忠君，被枭首示众，追赠少保，谥‘忠烈’，首级寻回与尸身合葬，家属厚恤。”
诏书宣读完毕，张钟带领百官跪倒在地，哭声震天：“陛下圣明！忠魂可安矣！”萧桓起身，走到丹陛前，亲手扶起张钟：“谢公等忠良，是大吴的脊梁，朕不会让他们白白牺牲。即日起，设立‘肃奸司’，由陈默掌印，彻底清查魏党余孽，还朝堂清明。”
消息传到通州，百姓们自发聚集在“谢公守土处”石牌前，燃放鞭炮，哭声与笑声交织。一位白发老妪捧着粗茶，洒在石牌前：“谢大人，您的冤屈昭雪了，陛下圣明啊！”不少曾受谢渊恩惠的边军将士，更是在军营中哭拜，发誓要守好边疆，不负谢公与陛下。
江南的赈灾粮也在三日内启程，由刘怀安与禁军共同护送，沿途州县不敢再克扣。当灾民们领到救命的粮食时，纷纷对着京城的方向叩拜。北境的军饷也尽数补发，蒙傲亲往宣府卫宣旨，将士们捧着军饷，热泪盈眶，声震营垒：“吾皇万岁万岁万万岁！”
一个月后，孙成在城外破庙被擒获，他试图点火自焚，却被禁军及时扑灭。审讯后得知，他已与鞑靼达成协议，若魏进忠事败，便带着魏党家产投靠鞑靼，换取高官厚禄。萧桓下旨，将孙成与魏进忠一同押赴西市问斩。
斩首之日，京城百姓夹道围观，纷纷投掷砖石，骂声不绝。魏进忠与孙成的首级被悬于城门三日，随后传首九边，以警示疆臣将帅。李嵩、王汉臣等人也被定罪，李嵩流放辽东，王汉臣斩立决，张毅抄家后赐死，其余魏党成员皆按罪论处，朝堂之上终于换得一片清明。
官制整顿也同步推行，魏党铨选的官员，贪腐有据者革职，胁从者降职留用，正直官员尽数起用。玄夜卫与理刑院划归都察院管辖，废除“先斩后奏”之权，刑讯需有三法司文书为凭，特务机构的权力得到有效制约。
东宫太子萧燊，因协查魏党有功，受命参与朝政。萧桓常以谢渊的绝笔信示之，诫曰：“君者，舟也；民者，水也。魏进忠之所以败，是因为失了民心；谢渊之所以被铭记，是因为他心向百姓。你日后登基，务必以民为本，亲贤远佞。”萧燊躬身应下，将教诲牢记于心。
天德六年暮春，江南传来捷报，灾民复业者逾七成，新麦长势喜人；北境鞑靼闻魏党覆灭、边军整肃，不敢南