在政治制度方面，司马睿推行以法御下的政策。他试图通过严格的法律来规范官员的行为，削弱士族在政治上的随意性和特权。例如，对官员的选拔和考核制定了更为严格的标准，不再完全依赖士族的推荐和品评，这在一定程度上打破了士族对官场的垄断。同时，司马睿还调整中枢机构，将一些重要的权力收归自己手中，减少士族对朝政的干预。
搜括户口也是司马睿的重要举措之一。当时，许多士族隐匿大量人口，以逃避赋税和徭役，这严重影响了国家的财政收入和兵源。司马睿下令清查户口，将隐匿的人口重新纳入国家的管理之下。这一举措触动了士族的经济利益，遭到了他们的强烈反对。但司马睿坚决执行，以增加国家的财政收入和军事力量，从而增强皇权的基础。
然而，司马睿的这些举措引发了皇权与士族之间的激烈斗争。士族势力根深蒂固，他们不甘心自己的利益受到损害，对司马睿的改革进行了顽强的抵抗。琅琊王氏家族首当其冲，王敦作为王氏家族的代表人物，对司马睿的行为极为不满。他认为司马睿的改革是对王氏家族的打压，于是在永昌元年（322 年），以诛刘隗为名，在武昌起兵，直扑石头城（即建康）。
王敦之乱是皇权与士族矛盾激化的集中体现。王导为保全王氏家族利益，暗助王敦。王敦攻入建康，杀死戴渊等支持司马睿改革的官员，刘隗投奔石勒。司马睿在这场叛乱中陷入困境，他的皇权受到了沉重打击，试图加强皇权、削弱士族势力的努力暂时失败。
皇权与士族之间的矛盾本质上是权力和利益的争夺。士族希望保持自己的特权和地位，而皇权则试图集中权力，实现对国家的有效统治。司马睿在位期间的举措虽然未能完全改变“君弱臣强”的格局，但也反映了皇权与士族之间的一种动态平衡。这种平衡在东晋历史上一直存在，影响着东晋政治的发展走向。
3．王敦之乱与司马睿的困境
王敦之乱的起因源于司马睿加强皇权与琅琊王氏家族维护自身利益之间的矛盾。东晋初期“王与马，共天下”，琅琊王氏权势滔天，王导主政中枢，王敦掌控军事。然而，司马睿不甘心皇权旁落，重用刘隗、刁协等人，推行以法御下、调整中枢、搜括户口等举措，试图削弱王氏势力。王敦作为王氏家族的核心人物，对司马睿的这些举动极为不满，认为这是对王氏家族的打压，于是决定起兵反抗。
永昌元年（322 年），王敦以诛刘隗为名，在武昌起兵，率领大军顺江而下，直扑石头城（即建康）。王敦起兵后，迅速得到了一些对司马睿改革不满的士族支持，其军队进展顺利。司马睿得知王敦起兵的消息后，大为震惊，他急忙调兵遣将，组织军队进行抵抗。他任命刘隗、戴渊等人率军守卫建康，并号召各地勤王。然而，司马睿的军队在王敦的进攻下节节败退。
王导为保全王氏家族利益，在这场叛乱中暗助王敦。王敦攻入建康后，纵兵劫掠，杀死了戴渊等支持司马睿改革的官员，刘隗则被迫投奔石勒。司马睿陷入了极度的困境，他眼睁睁地看着自己的亲信被杀，朝廷被王敦控制，却无能为力。此时的司马睿，虽然名义上还是皇帝，但实际上已经成为了王敦的傀儡。
王敦之乱对东晋政权造成了巨大的冲击。政治上，东晋朝廷内部的矛盾进一步激化，皇权受到了严重的削弱，“君弱臣强”的局面更加明显。士族之间的权力斗争也更加激烈，朝廷陷入了混乱之中。经济上，战乱导致江南地区的经济遭到了破坏，百姓生活困苦，社会秩序动荡不安。军事上，东晋的军事力量受到了削弱，边防防御能力下降，给了外部少数民族政权可乘之机。
司马睿在叛乱中虽然试图进行抵抗，但由于自身实力有限，加上内部士族的不支持，最终未能扭转局势。他在忧愤中逐渐失去了对朝政的掌控，身体也每况愈下。这场叛乱让司马睿深刻认识到了皇权与士族之间力量的悬殊，他的政治抱负也在这场叛乱中化为泡影。王敦之乱成为了东晋历史上的一个重要转折点，它不仅改变了东晋初期的政治格局，也对东晋的历史发展产生了深远的影响。
四、司马睿的个人生活
1．感情生活与后妃子女
司马睿的感情生活与他的政治生涯一样，充满了时代的印记，后妃和子女的情况也反映出当时的社会背景和家族关系。
司马睿的正妻是虞孟母，她出身于济阳虞氏，这是当时的名门望族。虞孟母与司马睿结为夫妻后，夫妻二人感情和睦。然而，虞孟母未能为司马睿生下子嗣，这在重视家族延续的古代社会，无疑是一件憾事。她于永嘉六年（312 年）去世，司马睿称帝后，追尊她为“元敬皇后”。
荀氏也是司马睿生命中的重要女性。她本是王府中的宫人，因得到司马睿的宠幸，生下了司马绍和司马裒。荀氏性