在探索蛋白石的纳米结构与光学效应过程中，诸多设想与现实科学理论之间存在着不可忽视的冲突。量子纠缠现象所需的极端条件与常温下蛋白石的性质相悖，而光子晶体在功能上的局限性也与赋予其自主编码复杂信息的设想存在矛盾。这些科学冲突点不仅反映了当前研究的边界，也为进一步的理论探索与技术突破提出了挑战。
量子纠缠是量子力学中一种奇特的现象，处于纠缠态的粒子无论相距多远，一个粒子的状态发生改变，另一个粒子会瞬间作出相应变化。然而，实现量子纠缠需要极其苛刻的条件，其中亚开尔文温度环境是关键因素之一。在接近绝对零度的极低温条件下，微观粒子的热运动被极大抑制，才能维持稳定的量子态，减少外界干扰导致的退相干现象 。
反观蛋白石，作为一种在常温常压下存在的矿物，其内部环境与量子纠缠所需条件截然不同。蛋白石内部的二氧化硅球体虽然呈现出有序排列的纳米结构，但在常温下，这些球体以及周围环境中的分子都处于不断的热运动之中。这种热运动产生的能量干扰，会迅速破坏量子纠缠态，使得量子纠缠难以在蛋白石内部实现。例如，当试图在蛋白石中诱导量子纠缠时，环境中的热量会不断传递给微观粒子，导致粒子的状态变得混乱，无法保持稳定的纠缠关系。
此外，蛋白石的化学成分和结构也不利于量子纠缠的维持。其内部除了二氧化硅外，还可能含有水分、杂质等成分，这些物质与微观粒子之间的相互作用，同样会干扰量子态的稳定。因此，将量子纠缠效应与常温蛋白石相结合的设想，在现有科学理论和技术条件下，面临着难以逾越的障碍。
光子晶体是一种具有周期性介电常数分布的人工或天然结构，其主要功能在于调控光的传播。通过设计光子晶体的结构参数，可以实现对特定频率光的禁止传播（光子带隙）、引导光的定向传输、增强光与物质的相互作用等。然而，光子晶体本质上只是对光的物理特性进行调控，它本身并不具备自主编码复杂信息的能力。
编码复杂信息需要有特定的算法、逻辑单元以及信息处理机制。而光子晶体仅仅是通过其周期性结构与光发生相互作用，改变光的传播路径、频率等物理属性。例如，在蛋白石中，其内部的二氧化硅球体有序排列形成类似光子晶体的结构，它能够产生布拉格衍射，使得特定波长的光发生反射，从而产生变彩效应，但这一过程只是光与物质相互作用的物理结果，并非对信息进行编码。
要实现自主编码复杂信息，需要引入额外的信息处理元件和系统。例如，在现代通信技术中，信息的编码和解码需要依靠电子芯片中的逻辑电路、算法程序等。而光子晶体本身不具备这样的信息处理功能，无法像计算机一样对输入的信息进行编码、存储和处理。因此，认为光子晶体可以自主编码复杂信息的设想，超出了其本身的功能范畴，与当前对光子晶体的科学认知存在冲突。
这些科学冲突点的存在，并非是对相关研究的否定，反而为进一步探索指明了方向。面对量子纠缠与常温蛋白石的矛盾，科学家可以尝试寻找新的材料或技术，在相对温和的条件下实现量子态的稳定。例如，通过对蛋白石进行改性，添加特殊的量子材料，或者开发新型的量子调控技术，降低实现量子纠缠所需的条件。
对于光子晶体功能局限性的问题，研究人员可以探索将光子晶体与其他信息处理元件相结合的方法。比如，将光子晶体与纳米级的传感器、微处理器等集成，构建具有信息处理能力的复合系统，从而拓展光子晶体的应用范围。这些冲突点既是挑战，也是机遇，推动着科学研究不断向前发展，有望在未来实现理论和技术上的重大突破。
在以蛋白石为核心的科幻叙事中，将“大明官银”设定为关联元素存在明显的时间线矛盾——闪电岭黑欧泊于1903年才开始规模化开采，而明代（1368-1644年）显然无法接触到这一澳大利亚特产。
晚清洋务运动是中国近代化进程的重要转折点，这一时期西方科技知识涌入，清廷设立同文馆、派遣留学生，在军工、矿业等领域展开大规模技术革新。19世纪末，澳大利亚闪电岭黑欧泊的发现恰逢中国对西方矿产勘探技术的迫切需求期。此时，清廷或洋务派官员通过西方传教士、归国留学生等渠道，得知澳大利亚蛋白石的特殊光学性质，由此开启了一场融合科学探索与政治博弈的实验。
将蛋白石设定为洋务运动实验品，可赋予其双重历史使命：一方面，它承载着清廷对西方先进材料科学的好奇与模仿，试图通过研究蛋白石的纳米结构光学效应，突破传统工艺的局限；另一方面，蛋白石的稀有性与独特性，使其成为晚清权贵阶层彰显“师夷长技”成果的象