三个月后，玄都大法师察觉到异样。他发现武院弟子在修炼时，周身偶尔会浮现巫族符文；工院炼制的兵器，竟能斩断道门法器；更令他震惊的是，农院培育的灵稻，食用后能增强修士与天地的感应，与人教的 “紫气东来” 功法产生微妙冲突。
“石天，你在玩火。” 玄都大法师闯入石天的议事厅，拂尘重重拍在案几上，震得竹简纷飞，“巫族乃道门大敌，你暗中复兴巫道，是想与太清圣人作对？”
石天不慌不忙地整理着散落的竹简：“道友误会了。人族本就博采众长，巫族战技、道门妙法，于人族而言并无分别。” 他抬手间，一道人皇之气化作屏障，将玄都大法师的威压尽数抵消，“况且，玄都观文院教授的道法，似乎也藏着不少‘秘密’吧？”
玄都大法师脸色微变，正要发作，突然天空乌云密布，一道金色雷霆劈落，正中玄都观文院。众人抬眼望去，只见西方天际，一座巨大的金色莲台缓缓浮现，莲台上端坐着一尊模糊的身影，正是太清圣人！
“玄都，退下。” 太清圣人的声音响彻天地，却不带丝毫情绪，“人族自有其道，莫要强求。” 话音未落，莲台消失，天地恢复清明。
玄都大法师呆立片刻，最终长叹一声：“师尊圣明。石天，此次是你赢了。但人族未来，还望你好自为之。” 说罢，他带着文院修士返回昆仑山，玄都观的紫气也随之消散大半。
危机暂时解除，但石天并未放松。他知道，太清圣人的退让，只是因为察觉到强行掌控人族，反而会破坏天地平衡。人族想要真正立足，必须走出一条属于自己的道路。
此后数年，石天以人皇印玺为引，沟通九州大地，建立起庞大的人族修行体系。武院的 “巫武之道”、工院的 “器道之术”、农院的 “灵植之法”，与文院残存的道门典籍相互融合，形成独特的 “人之道”。越来越多的人族修士不再依赖道门传承，而是凭借自身血脉与智慧，开辟出全新的修行之路。
然而，就在人族蒸蒸日上之时，新的危机悄然降临。幽冥血海传来异动，十二祖巫残魂蠢蠢欲动；西方教暗中派人接触人族部落，宣扬 “因果轮回” 之说；就连妖族，也开始对人族的崛起表现出敌意。石天站在人族祭坛上，望着远方翻滚的乌云，握紧了人皇印玺。他知道，真正的考验，才刚刚开始......
幽冥血海上空，血雾翻滚，化作一张张狰狞的面孔，发出阵阵凄厉的嘶吼。十二祖巫残魂在血海深处苏醒，他们的怨气如实质般弥漫开来，所过之处，海水沸腾，鱼虾尽皆化为血水。共工残魂挥动着残破的手臂，怒吼道：“当年被三清算计，如今吾等定要让这天地为我巫族陪葬！人族竟敢占据大地，先拿他们开刀！” 祝融残魂眼中跳动着幽蓝色的火焰，附和道：“不错！人族弱小，正是立威的好对象！” 十二祖巫残魂商议妥当，便驱使着血海，朝着人间涌去。
与此同时，西方教的使者悄然潜入人族部落。这些使者身着素色长袍，面容慈悲，口中念叨着 “因果轮回，今生受苦，来世享福” 等教义。他们游走于各个村落，用花言巧语蛊惑人心。一位老者被使者说得泪流满面，颤抖着说道：“原来我此生贫苦，皆是前世造孽。若信奉贵教，来世便能解脱吗？” 使者双手合十，微笑道：“善哉善哉，只要一心向教，来世必能投生富贵之家。” 很快，不少意志不坚定的人开始信奉西方教，人族内部出现了分裂的迹象。
妖族也在暗中蠢蠢欲动。妖皇宫内，妖皇帝俊的虚影在大殿中显现，声音冰冷：“人族崛起太快，若不加以遏制，他日必成大患。传令下去，让各地妖王开始筹备，找机会给人族一点教训！” 各大妖山的妖王纷纷响应，山中的妖群开始集结，空气中弥漫着肃杀之气。
石天得知这些消息后，立刻召集人族各院领袖商议对策。武院院长是一位身材魁梧的壮汉，他一拳砸在案几上，怒声道：“怕他作甚！无论是祖巫还是妖族，来一个杀一个，来两个杀一双！” 工院院长则推了推鼻梁上的灵镜，冷静分析道：“不可轻敌。祖巫残魂虽不完整，但实力依旧强大，妖族更是数量众多。西方教从内部瓦解我们，才是最棘手的。” 农院院长轻抚胡须，缓缓说道：“当务之急，是稳定人心，防止更多人被西方教蛊惑。”
石天微微点头，目光坚定：“诸位所言极是。武院即刻加强戒备，在边境布下防线；工院全力打造防御灵器和攻击法宝；农院确保灵植供应，保障后勤。至于西方教，我会亲自处理。” 说罢，他手持人皇印玺，身形一闪，消失在众人眼前。
石天来到被西方教蛊惑最深的村落。这里的村民眼神呆滞，口中不断念叨着西方教的教义。石天眉头紧皱，大声说道：“人族同胞们！西方教所言皆是虚妄！我们人族凭借自己的双手，创造了如今的繁荣，为何要将希望寄托于虚无缥缈的来世？” 一位被蛊惑的村民怒目而视，喝道：“你这妖人，竟敢诋毁圣教！来世福报，岂是你能理解的！” 话音未落，一道金光从远处射来，直取石天。