吏部侍郎时他一反吏部官员接见庶官不多说话的常规，见到下面来的官吏总是仔细询问边腹要害﹑吏治民情，所以各级官吏都很愿意和他打交道历任尚书熊浃、唐龙、周用都非常器重他。他还知人善任经过他推荐的官员大多是谨厚长者，包括宋景、张岳、王道、欧阳德、范鏓等人。周用去世闻渊接任。闻渊以长辈自居独断专行，徐阶闷闷不乐请求出避，于是命兼翰林院学士教习庶吉士。不久任掌院事进升为礼部尚书。再后来，嘉靖帝认为徐阶为官勤勉又擅长写青词，于是召值无逸殿与大学士张治、李本一起赏赐飞鱼服及上方珍馔、上尊无虚日。众官推荐徐阶担任吏部尚书，嘉靖帝希望他留在身边而拒绝了加太子太保。第五年春三月，徐阶于嘉靖二年以探花及第授翰林院编修。后因忤张孚敬被斥为延平府推官受此挫折，从此谨事上官。后又进礼部尚书兼文渊阁大学士参与朝廷机要大事。徐阶曾密疏揭发咸宁侯仇鸾的罪行且擅写青词为嘉靖帝所信任。嘉靖四十一年，得知嘉靖帝对严嵩父子的不法行为已有所闻，于是就命御史邹应龙参劾终于使严嵩罢官，其子严世蕃谪戍取代严嵩而为首辅。万历十一年，徐阶病卒，赠太师，谥号文贞。