李三才以折税监得民心。两淮地区发生灾荒时，他经报请朝廷获准，对灾民加以赈济，还免除了应纳的马价(一种苛税的名目)，因此李三才的言行赢得了民心和朝野正直人士的赞扬，声望日隆，有可能被推举进入内阁。齐、楚、浙党一派官员生怕李三才入阁会对自己不利，就连连上疏攻击李三才奸诈贪横。顾宪成等东林党人则驳斥这些谰言，于是双方又发生了一场笔墨官司。由于一再受到攻讦，万历三十九年初三月，李三才不得已自动辞职。这就是当时喧闹得不可开交的李三才入阁事件。