他的出现和喊话，起到了关键作用。许多原住民认出了他，听到“省府知晓委屈”、“公正处理”的承诺，激愤的情绪开始慢慢平复。加上警察的有效隔离和抓捕，失去了人数优势和冲动氛围，多数人开始犹豫、退缩。
与此同时，知府也成功劝说了华人商会领袖，暂时忍耐，相信官府，不要组织私力报复。
经过大半天紧张而有序的处置，到日落时分，城内的骚乱基本被控制住，主要街道恢复了秩序，只剩下零星的火点和废墟述说着白日的疯狂。警察逮捕了上百名趁乱闹事的首要分子，其中也包括引发事端的阿尔贾·桑波。双方均有人员受伤，但幸运的是，并未出现大规模死亡事件。
整个处置过程，被化装成普通商旅的皇家密探详细记录，通过电报源源不断地发回海上龙舰。
光武帝仔细阅读着每一份电文，脸上的表情从最初的冷峻，逐渐缓和，甚至露出一丝不易察觉的赞许。
“嗯……反应尚算迅速。文武配合，并未一味蛮干。懂得利用本地官员进行安抚，分化瓦解，控制事态为先……这张文弼，倒还有些章法。高指挥使和那位右布政使，也甚得力。”皇帝对身旁的王锦世和内阁大臣点评道，“尤其是未轻易动用军队大开杀戒，此点最为关键。否则，今日杀百人，明日必生千人恨，帝国在此地的统治，将永无宁日。”
王锦世闻言，也收敛了之前的急躁，叹服道：“皇兄圣明。如此处置，确是老成谋国之举。看来这爪哇省的官员，并非全是庸碌之辈。”
“然，乱事虽平，根源未除。”光武帝话锋一转，目光再次变得锐利，“‘俸明人’之策，歧视已然制度化，积怨甚深。此次虽未酿成大祸，然若不从根本上调整政策，他日必生更大祸乱。传旨，舰队明日入港。朕，要再临巴达维亚。”
次日，当皇帝的龙旗突然再次出现在巴达维亚港外时，全城官员都惊呆了，旋即陷入了巨大的惶恐和庆幸之中——庆幸自己昨日没有采取极端手段。
光武帝再次驾临行宫，立刻召见了所有省级主要官员。他没有立刻斥责，而是首先详细听取了关于事件全过程以及处置措施的汇报。
听完之后，皇帝沉默良久，方才缓缓开口，声音不高，却重若千钧：“此次骚乱，尔等临机处置，尚有可圈点之处，未使事态彻底糜烂，朕心稍慰。”
众官刚松半口气，皇帝接下来的话却让他们冷汗直流：“然，此乱之根源，在于‘俸明’之别，在于日积月累之歧视与不公！尔等身为父母官，岂能毫无察觉？或察而不敢言？或言而不得法？以至于民怨沸腾，几坏朕之南疆！此乃尔等失职！”
张文弼等人跪倒在地，叩头请罪：“臣等昏聩，有负圣恩，请陛下治罪！”
“治罪容易，治本难。”光武帝站起身，踱步道，“朕当年设‘俸明’之目，本意是循序渐进，以岁月化之。然观今日之势，此策已生弊端，反成隔阂之墙、祸乱之源！若不变革，爪哇终非大明之有也。”
他做出了重要的指示：“即日起，爪哇省试行‘新政’：一、逐步废除‘俸明人’与‘大明子民’在赋税、律法上的显性区别，强调‘大明臣民，一体同仁’。二、大力推行汉化教育，广设学堂，但需尊重其习俗信仰，以怀柔为主。三、开辟更多渠道，允许有功、有才之原住民精英入仕、从军，给予上升之阶。四、严惩此次骚乱中打砸抢烧、触犯律法之徒，无论汉爪，依律量刑，绝不姑息！但亦需严惩平日欺压原住民、引发事端之汉人恶徒，还阿尔贾·桑波等人一个公道！五、责令省府出台章程，严禁民间公开的种族歧视言行。”
这些旨意，意在从根本上缓和矛盾，推动真正的融合。官员们如蒙大赦，又感责任重大，纷纷叩首领旨。
光武帝又特别对右布政使阿卜杜勒·拉赫曼和都指挥使表示了勉励，赞赏他们在危机中的表现。
皇帝在巴达维亚又多停留了十日，亲自监督新政纲要的拟定，并再次视察了市井、学堂和屯垦区，接见了各族代表，反复强调“和睦共处”、“大明一体”的理念。
离开之日，巴达维亚的送别仪式依旧隆重，但空气中多了几分肃穆和反思。光武帝知道，爪哇的问题绝非一纸诏书就能解决，政策的转变必然会触及原有利益格局，引来新的阻力，文化的融合更是需要数代人的努力。但他迈出了这关键的第一步。
龙舰再次起航，劈波斩浪，向北驶去。光武帝站在舰桥，回望渐渐远去的爪哇岛，心中思绪万千。帝国的扩张带来了广阔的疆域和巨大的财富，但也带来了前所未有的治理挑战。如何平衡发展与公平，如何融合不同的文化与民族，如何确保边疆的长治久安……这一切，都远比打赢一场战争更为复杂和漫长。
“任重而道远啊……”皇帝轻声感叹，目光却愈发坚定。南海的风浪，或许能暂时打湿船身