董卓心中不甘，却也知道别无他法，只得点头道：“好。传我命令，即刻护送天子和文武百官，逃往关中。同时，焚烧皇宫和城中粮草，不让曹操、孙坚得到一丝好处！”
很快，董卓便率领残军，护送着汉献帝和文武百官，向关中逃去。途中，董卓下令焚烧皇宫，大火熊熊燃烧，染红了半边天空。洛阳城中的百姓见状，纷纷哭喊着逃离，场面一片混乱。
曹操、孙坚率军抵达皇宫时，皇宫已被大火焚烧得面目全非。曹操看着熊熊燃烧的皇宫，心中悲愤交加，说道：“董卓小儿，此仇不共戴天！我必率军追击，诛杀你这奸贼！”
孙坚也说道：“孟德兄，我愿率领江东子弟，作为先锋，追击董卓！”
曹操点了点头，说道：“好。文台将军，你率领一万将士，追击董卓，务必拖住他的脚步。我则留下来，安抚百姓，整顿洛阳城，同时派人联络鲍信、乔瑁，平定袁绍、袁术的叛乱。待诸事安排妥当，我便率军前往关中，与你汇合，一同诛杀董卓！”
孙坚领命，率领一万江东子弟，即刻向关中方向追去。曹操则开始着手安抚百姓，整顿洛阳城。他派人扑灭皇宫大火，收敛城中的尸体，发放粮草给百姓，同时派人修缮宫殿，供奉汉献帝的牌位。百姓们见曹操如此体恤民情，纷纷对他感恩戴德，不少人还主动加入曹操的军队，为讨伐董卓贡献力量。
与此同时，鲍信、乔瑁已将袁绍团团围住。袁绍见大势已去，只得率领残军投降。鲍信、乔瑁将袁绍囚禁起来，随后率军进入洛阳城，拜见曹操。曹操见鲍信、乔瑁平定了袁绍的叛乱，心中大喜，当即任命鲍信为征北将军，乔瑁为征西将军，负责镇守洛阳城。
而袁术则率领残军，逃往南阳。他一路招兵买马，扩充势力，同时派人向董卓求和，希望能得到董卓的庇护。董卓此时正忙于逃往关中，无暇顾及袁术，只派人给袁术送去一些粮草和钱财，让他在南阳立足，暗中牵制曹操、孙坚。
几日后，曹操将洛阳城整顿完毕，百姓安居乐业，军队也得到了补充。他留下一部分将士，由鲍信、乔瑁率领，镇守洛阳城，自己则率领五万大军，向关中方向进发，与孙坚汇合，一同追击董卓。
途中，曹操得知孙坚已追上董卓的残军，双方在渑池展开了激烈的厮杀。孙坚麾下将士虽然勇猛，但董卓残军凭借地形优势，顽强抵抗，孙坚一时难以取胜，陷入了僵持之中。曹操心中大惊，连忙下令大军加速前进，尽快赶到渑池，支援孙坚。
三日后，曹操大军抵达渑池。此时，孙坚正与董卓残军激战，见曹操大军到来，心中大喜，士气大振。曹操当即下令，大军兵分两路，一路由自己率领，从正面进攻；一路由程昱率领，绕到董卓残军后方，偷袭敌营。
董卓残军本就士气低落，又被曹操、孙坚两军前后夹击，顿时陷入了崩溃。郭汜、樊稠见大势已去，只得率领一部分残军投降，李儒则在战乱中被斩杀。董卓见状，只得带着少数亲信，护送着汉献帝，狼狈地向长安逃去。
曹操、孙坚率军紧紧追击，一直追到函谷关下。函谷关地势险要，易守难攻，董卓派吕布率领残军驻守函谷关，阻挡曹操、孙坚大军。曹操、孙坚率军攻打了数日，始终未能攻破函谷关，心中十分焦急。
荀彧说道：“主公，函谷关地势险要，硬攻难以取胜。依我之见，我们不如暂且休兵，派人暗中联络关中的诸侯和百姓，争取他们的支持。董卓在关中作恶多端，早已失去民心，若我们能得到关中百姓的支持，里应外合，必能攻破函谷关。”
曹操点了点头，说道：“好。文若，此事就交给你了。同时，命人做好长期作战的准备，囤积粮草，操练兵马，等待时机。”
孙坚也说道：“孟德兄，我愿率领一部分将士，驻守函谷关城外，防备董卓大军反扑。同时，派人侦查函谷关的防守情况，寻找破关的机会。”
曹操说道：“好。文台将军，辛苦你了。我们齐心协力，必能攻破函谷关，诛杀董卓，匡扶汉室！”
就在曹操、孙坚积极准备攻破函谷关之时，南阳的袁术却暗中联络了一些对曹操不满的诸侯，组成了反曹联盟，准备率军攻打洛阳，夺取汉献帝，以天子的名义号令天下。一场更大的危机，正在悄然逼近曹操、孙坚等人。而远在长安的董卓，也在积极整顿兵马，准备卷土重来。讨董大业，远未结束，天下局势，变得更加动荡不安...
洛阳城中，鲍信、乔瑁得知袁术组成反曹联盟，准备攻打洛阳的消息后，心中大惊，连忙派人向曹操禀报。曹操接到消息后，面色凝重，说道：“袁术这等奸贼，真是不知死活！竟敢在这个时候作乱。文若，你怎么看？”
荀彧沉吟道：“主公，袁术组成反曹联盟，虽有一定的势力，但联盟内部矛盾重重，各诸侯都是为了自身利益才加入联盟，并非真心辅佐袁术。依我之见，我们可派使者前往联盟各诸侯处